外国居住者等の所得に対する相互主義による所得税等の非課税等に関する法律
2022年6月17日改正分
第4条第3項
（法人課税信託の受託者等に関するこの章の適用）
法人税法第四条の六第二項、第四条の七及び第四条の八の規定は、第一項の規定を次条から第七条まで、第十条から第十二条まで、第十四条から第十六条まで、第十九条、第二十九条から第三十三条まで、第三十五条から第三十九条まで、第四十二条及び第四十三条において適用する場合について準用する。
変更後
法人税法第四条の二第二項、第四条の三及び第四条の四の規定は、第一項の規定を次条から第七条まで、第十条から第十二条まで、第十四条から第十六条まで、第十九条、第二十九条から第三十三条まで、第三十五条から第三十九条まで、第四十二条及び第四十三条において適用する場合について準用する。
第7条第9項第4号
（事業から生ずる所得に対する所得税又は法人税の非課税等）
所得税法第百六十五条第一項の規定により同法第九十二条の規定に準じて計算する場合には、同条第一項中「ものを除く。）」とあるのは「ものを除く。
）及び外国居住者等所得相互免除法第七条第八項（申告不要第三国団体対象配当等に係る分離課税）に規定する申告不要第三国団体対象配当等に係るもの」と、「前節（税率）」とあるのは「前節（税率）及び外国居住者等所得相互免除法第七条第八項」と、同項第一号中「課税総所得金額」とあるのは「課税総所得金額及び申告不要第三国団体対象配当等に係る配当所得等の金額（外国居住者等所得相互免除法第七条第九項第三号の規定により読み替えられた第七十二条、第七十八条、第八十六条及び第八十七条（雑損控除等）の規定の適用がある場合には、その適用後の金額。
以下この条において「申告不要第三国団体対象配当等に係る課税配当所得等の金額」という。
）の合計額」と、同項第二号及び第三号中「課税総所得金額」とあるのは「課税総所得金額及び申告不要第三国団体対象配当等に係る課税配当所得等の金額の合計額」と、同条第二項中「課税総所得金額に係る所得税額」とあるのは「課税総所得金額に係る所得税額、申告不要第三国団体対象配当等に係る課税配当所得等の金額に係る所得税額」とする。
変更後
所得税法第百六十五条第一項の規定により同法第九十二条の規定に準じて計算する場合には、同条第一項中「ものを除く。）」とあるのは「ものを除く。）及び外国居住者等所得相互免除法第七条第八項（申告不要第三国団体対象配当等に係る分離課税）に規定する申告不要第三国団体対象配当等に係るもの」と、「前節（税率）」とあるのは「前節（税率）及び外国居住者等所得相互免除法第七条第八項」と、同項第一号中「課税総所得金額」とあるのは「課税総所得金額及び申告不要第三国団体対象配当等に係る配当所得等の金額（外国居住者等所得相互免除法第七条第九項第三号の規定により読み替えられた第七十二条、第七十八条、第八十六条及び第八十七条（雑損控除等）の規定の適用がある場合には、その適用後の金額。以下この条において「申告不要第三国団体対象配当等に係る課税配当所得等の金額」という。）の合計額」と、同項第二号及び第三号中「課税総所得金額」とあるのは「課税総所得金額及び申告不要第三国団体対象配当等に係る課税配当所得等の金額の合計額」と、同条第二項中「課税総所得金額に係る所得税額」とあるのは「課税総所得金額に係る所得税額、申告不要第三国団体対象配当等に係る課税配当所得等の金額に係る所得税額」とする。
第7条第15項第5号
（事業から生ずる所得に対する所得税又は法人税の非課税等）
所得税法第九十二条及び第九十五条の規定の適用については、同法第九十二条第一項中「ものを除く。）」とあるのは「ものを除く。
）及び外国居住者等所得相互免除法第七条第十四項（申告不要特定対象配当等に係る分離課税）に規定する申告不要特定対象配当等に係るもの」と、「前節（税率）」とあるのは「前節（税率）及び外国居住者等所得相互免除法第七条第十四項」と、同項第一号中「課税総所得金額」とあるのは「課税総所得金額及び申告不要特定対象配当等に係る配当所得等の金額（外国居住者等所得相互免除法第七条第十五項第四号の規定により読み替えられた第七十二条から第八十七条まで（雑損控除等）の規定の適用がある場合には、その適用後の金額。
以下この条において「申告不要特定対象配当等に係る課税配当所得等の金額」という。
）の合計額」と、同項第二号及び第三号中「課税総所得金額」とあるのは「課税総所得金額及び申告不要特定対象配当等に係る課税配当所得等の金額の合計額」と、同条第二項中「課税総所得金額に係る所得税額」とあるのは「課税総所得金額に係る所得税額、申告不要特定対象配当等に係る課税配当所得等の金額に係る所得税額」と、同法第九十五条中「その年分の所得税の額」とあるのは「その年分の所得税の額及び外国居住者等所得相互免除法第七条第十四項（申告不要特定対象配当等に係る分離課税）の規定による所得税の額」とする。
変更後
所得税法第九十二条及び第九十五条の規定の適用については、同法第九十二条第一項中「ものを除く。）」とあるのは「ものを除く。）及び外国居住者等所得相互免除法第七条第十四項（申告不要特定対象配当等に係る分離課税）に規定する申告不要特定対象配当等に係るもの」と、「前節（税率）」とあるのは「前節（税率）及び外国居住者等所得相互免除法第七条第十四項」と、同項第一号中「課税総所得金額」とあるのは「課税総所得金額及び申告不要特定対象配当等に係る配当所得等の金額（外国居住者等所得相互免除法第七条第十五項第四号の規定により読み替えられた第七十二条から第八十七条まで（雑損控除等）の規定の適用がある場合には、その適用後の金額。以下この条において「申告不要特定対象配当等に係る課税配当所得等の金額」という。）の合計額」と、同項第二号及び第三号中「課税総所得金額」とあるのは「課税総所得金額及び申告不要特定対象配当等に係る課税配当所得等の金額の合計額」と、同条第二項中「課税総所得金額に係る所得税額」とあるのは「課税総所得金額に係る所得税額、申告不要特定対象配当等に係る課税配当所得等の金額に係る所得税額」と、同法第九十五条中「その年分の所得税の額」とあるのは「その年分の所得税の額及び外国居住者等所得相互免除法第七条第十四項（申告不要特定対象配当等に係る分離課税）の規定による所得税の額」とする。
第9条第1項
（事業から生ずる所得に係る国民健康保険税の課税の特例）
世帯主又はその世帯に属する国民健康保険の被保険者若しくは特定同一世帯所属者（地方税法第七百三条の四第十項第一号に規定する特定同一世帯所属者をいう。以下同じ。）が前条第二項に規定する特例適用利子等に係る利子所得、配当所得、譲渡所得、一時所得及び雑所得を有する場合における同法第七百三条の四第六項及び第七項、第七百三条の五並びに第七百六条の二第一項の規定の適用については、同法第七百三条の四第六項中「及び山林所得金額の合計額から同条第二項」とあるのは「及び山林所得金額並びに外国居住者等の所得に対する相互主義による所得税等の非課税等に関する法律第八条第二項に規定する特例適用利子等の額（以下「特例適用利子等の額」という。）の合計額から第三百十四条の二第二項」と、「及び山林所得金額の合計額（」とあるのは「及び山林所得金額並びに特例適用利子等の額の合計額（」と、同条第七項中「又は山林所得金額」とあるのは「若しくは山林所得金額又は特例適用利子等の額」と、同法第七百三条の五中「この条中山林所得金額」とあるのは「この条中山林所得金額又は特例適用利子等の額」と、「及び山林所得金額」とあるのは「及び山林所得金額並びに特例適用利子等の額」と、同法第七百六条の二第一項中「山林所得金額」とあるのは「山林所得金額並びに特例適用利子等の額」とする。
変更後
世帯主又はその世帯に属する国民健康保険の被保険者若しくは特定同一世帯所属者（地方税法第七百三条の四第十項第一号に規定する特定同一世帯所属者をいう。以下同じ。）が前条第二項に規定する特例適用利子等に係る利子所得、配当所得、譲渡所得、一時所得及び雑所得を有する場合における同法第七百三条の四第六項及び第七項、第七百三条の五第一項並びに第七百六条の二第一項の規定の適用については、同法第七百三条の四第六項中「及び山林所得金額の合計額から同条第二項」とあるのは「及び山林所得金額並びに外国居住者等の所得に対する相互主義による所得税等の非課税等に関する法律第八条第二項に規定する特例適用利子等の額（以下「特例適用利子等の額」という。）の合計額から第三百十四条の二第二項」と、「及び山林所得金額の合計額（」とあるのは「及び山林所得金額並びに特例適用利子等の額の合計額（」と、同条第七項中「又は山林所得金額」とあるのは「若しくは山林所得金額又は特例適用利子等の額」と、同法第七百三条の五第一項中「この項中山林所得金額」とあるのは「この項中山林所得金額又は特例適用利子等の額」と、「及び山林所得金額」とあるのは「及び山林所得金額並びに特例適用利子等の額」と、同法第七百六条の二第一項中「山林所得金額」とあるのは「山林所得金額並びに特例適用利子等の額」とする。
第9条第2項
（事業から生ずる所得に係る国民健康保険税の課税の特例）
世帯主又はその世帯に属する国民健康保険の被保険者若しくは特定同一世帯所属者が前条第四項に規定する特例適用配当等に係る利子所得、配当所得及び雑所得を有する場合における地方税法第七百三条の四第六項及び第七項、第七百三条の五並びに第七百六条の二第一項の規定の適用については、同法第七百三条の四第六項中「及び山林所得金額の合計額から同条第二項」とあるのは「及び山林所得金額並びに外国居住者等の所得に対する相互主義による所得税等の非課税等に関する法律第八条第四項に規定する特例適用配当等の額（以下「特例適用配当等の額」という。）の合計額から第三百十四条の二第二項」と、「及び山林所得金額の合計額（」とあるのは「及び山林所得金額並びに特例適用配当等の額の合計額（」と、同条第七項中「又は山林所得金額」とあるのは「若しくは山林所得金額又は特例適用配当等の額」と、同法第七百三条の五中「この条中山林所得金額」とあるのは「この条中山林所得金額又は特例適用配当等の額」と、「及び山林所得金額」とあるのは「及び山林所得金額並びに特例適用配当等の額」と、同法第七百六条の二第一項中「山林所得金額」とあるのは「山林所得金額並びに特例適用配当等の額」とする。
変更後
世帯主又はその世帯に属する国民健康保険の被保険者若しくは特定同一世帯所属者が前条第四項に規定する特例適用配当等に係る利子所得、配当所得及び雑所得を有する場合における地方税法第七百三条の四第六項及び第七項、第七百三条の五第一項並びに第七百六条の二第一項の規定の適用については、同法第七百三条の四第六項中「及び山林所得金額の合計額から同条第二項」とあるのは「及び山林所得金額並びに外国居住者等の所得に対する相互主義による所得税等の非課税等に関する法律第八条第四項に規定する特例適用配当等の額（以下「特例適用配当等の額」という。）の合計額から第三百十四条の二第二項」と、「及び山林所得金額の合計額（」とあるのは「及び山林所得金額並びに特例適用配当等の額の合計額（」と、同条第七項中「又は山林所得金額」とあるのは「若しくは山林所得金額又は特例適用配当等の額」と、同法第七百三条の五第一項中「この項中山林所得金額」とあるのは「この項中山林所得金額又は特例適用配当等の額」と、「及び山林所得金額」とあるのは「及び山林所得金額並びに特例適用配当等の額」と、同法第七百六条の二第一項中「山林所得金額」とあるのは「山林所得金額並びに特例適用配当等の額」とする。
第14条第1項
（外国関連者との取引に係る課税の特例）
居住者又は内国法人が、当該居住者又は当該内国法人に係る外国関連者（外国居住者等で、当該居住者又は当該内国法人との間に政令で定める特殊の関係（第四項において「特殊の関係」という。）のあるものをいう。以下この条において同じ。）との間で資産の販売、資産の購入、役務の提供その他の取引を行う場合に、当該取引（当該居住者若しくは当該内国法人が当該外国関連者から支払を受ける対価の額が独立企業間価格を超える場合又は当該居住者若しくは当該内国法人が当該外国関連者に支払う対価の額が独立企業間価格に満たない場合における当該取引に限る。以下この条において「外国関連取引」という。）につき、当該外国関連者に係る外国の租税に関する権限のある機関が、当該外国関連者に係る当該外国の租税の課税標準又は欠損の金額の計算に関して、当該外国関連取引が独立の事業者の間で通常の取引の条件に従つて行われるとした場合に当該外国関連取引につき支払われるべき対価の額は独立企業間価格であると認めたことにつき総務省令、財務省令で定めるところにより国税庁長官の確認を受けたときは、当該居住者の各年分の所得又は当該内国法人の各事業年度の所得若しくは各連結事業年度（法人税法第十五条の二に規定する連結事業年度をいう。以下この章において同じ。）の連結所得（同法第二条第十八号の四に規定する連結所得をいう。以下この章において同じ。）に係る所得税法その他所得税に関する法令の規定又は法人税法その他法人税に関する法令の規定の適用については、当該外国関連取引は、独立企業間価格で行われたものとみなす。
変更後
居住者又は内国法人が、当該居住者又は当該内国法人に係る外国関連者（外国居住者等で、当該居住者又は当該内国法人との間に政令で定める特殊の関係（第四項において「特殊の関係」という。）のあるものをいう。以下この条において同じ。）との間で資産の販売、資産の購入、役務の提供その他の取引を行う場合に、当該取引（当該居住者若しくは当該内国法人が当該外国関連者から支払を受ける対価の額が独立企業間価格を超える場合又は当該居住者若しくは当該内国法人が当該外国関連者に支払う対価の額が独立企業間価格に満たない場合における当該取引に限る。以下この条において「外国関連取引」という。）につき、当該外国関連者に係る外国の租税に関する権限のある機関が、当該外国関連者に係る当該外国の租税の課税標準又は欠損の金額の計算に関して、当該外国関連取引が独立の事業者の間で通常の取引の条件に従つて行われるとした場合に当該外国関連取引につき支払われるべき対価の額は独立企業間価格であると認めたことにつき総務省令、財務省令で定めるところにより国税庁長官の確認を受けたときは、当該居住者の各年分の所得又は当該内国法人の各事業年度の所得に係る所得税法その他所得税に関する法令の規定又は法人税法その他法人税に関する法令の規定の適用については、当該外国関連取引は、独立企業間価格で行われたものとみなす。
第14条第2項第2号
（外国関連者との取引に係る課税の特例）
内国法人
当該内国法人に係る外国関連者との間の取引につき支払われるべき対価の額について租税特別措置法第六十六条の四第二項又は第六十八条の八十八第二項に規定する方法に準じて算定した金額
変更後
内国法人
当該内国法人に係る外国関連者との間の取引につき支払われるべき対価の額について租税特別措置法第六十六条の四第二項に規定する方法に準じて算定した金額
第14条第3項
（外国関連者との取引に係る課税の特例）
第一項の規定の適用がある場合における外国関連取引の対価の額と当該外国関連取引に係る同項に規定する独立企業間価格との差額は、内国法人の各事業年度の所得の金額又は各連結事業年度の連結所得の金額の計算上、益金の額に算入しない。
変更後
第一項の規定の適用がある場合における外国関連取引の対価の額と当該外国関連取引に係る同項に規定する独立企業間価格との差額は、内国法人の各事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入しない。
第30条第1項
（特定国外事業所等に係る国外所得金額の計算の特例）
居住者の所得税法第九十五条第四項第一号に規定する事業場等又は内国法人の法人税法第六十九条第四項第一号に規定する本店等とこれらの規定に規定する国外事業所等（外国に所在するものに限る。以下この項において「特定国外事業所等」という。）との間のこれらの規定に規定する内部取引（その対価の額とする額が独立企業間価格と異なることにより、当該居住者のその年分の所得税法第九十五条第一項に規定する国外所得金額（同条第四項第一号に掲げる国外源泉所得に係るものに限る。以下この項及び第三十二条第三項において同じ。）又は当該内国法人の当該事業年度の法人税法第六十九条第一項に規定する国外所得金額（同条第四項第一号に掲げる国外源泉所得に係るものに限る。以下この項及び第三十二条第三項において同じ。）若しくは当該連結事業年度の同法第八十一条の十五第一項に規定する連結国外所得金額（同号に掲げる国外源泉所得に係るものに限る。以下この項及び第三十二条第三項において同じ。）の計算上、当該内部取引に係る収入すべき金額若しくは収益の額が過少となる場合又は損失等の額（当該内部取引に係る所得税法第三十七条若しくは第三十八条に規定する必要経費に算入すべき金額に相当するもの若しくは資産の取得費に相当するものとして政令で定める金額又は法人税法第二十二条第三項各号に掲げる額に相当するものをいう。）が過大となる場合における当該内部取引に限る。以下この条において「特定内部取引」という。）につき、当該特定国外事業所等に係る外国の租税に関する権限のある機関が、当該居住者又は当該内国法人に係る当該外国の租税の課税標準又は欠損の金額（所得税法第百六十一条第一項第一号に掲げる国内源泉所得又は法人税法第百三十八条第一項第一号に掲げる国内源泉所得に相当する所得に係るものに限る。）の計算に関して、当該特定内部取引が独立の事業者の間で通常の取引の条件に従つて行われるとした場合に当該特定内部取引の対価の額とされるべき額は独立企業間価格であると認めたことにつき総務省令、財務省令で定めるところにより国税庁長官の確認を受けたときは、当該居住者のその年分の所得税法第九十五条第一項に規定する国外所得金額に係る同法その他所得税に関する法令の規定又は当該内国法人の当該事業年度の法人税法第六十九条第一項に規定する国外所得金額若しくは当該連結事業年度の同法第八十一条の十五第一項に規定する連結国外所得金額に係る同法その他法人税に関する法令の規定の適用については、当該特定内部取引は、独立企業間価格によるものとする。
変更後
居住者の所得税法第九十五条第四項第一号に規定する事業場等又は内国法人の法人税法第六十九条第四項第一号に規定する本店等とこれらの規定に規定する国外事業所等（外国に所在するものに限る。以下この項において「特定国外事業所等」という。）との間のこれらの規定に規定する内部取引（その対価の額とする額が独立企業間価格と異なることにより、当該居住者のその年分の所得税法第九十五条第一項に規定する国外所得金額（同条第四項第一号に掲げる国外源泉所得に係るものに限る。以下この項及び第三十二条第三項において同じ。）又は当該内国法人の当該事業年度の法人税法第六十九条第一項に規定する国外所得金額（同条第四項第一号に掲げる国外源泉所得に係るものに限る。以下この項及び第三十二条第三項において同じ。）の計算上、当該内部取引に係る収入すべき金額若しくは収益の額が過少となる場合又は損失等の額（当該内部取引に係る所得税法第三十七条若しくは第三十八条に規定する必要経費に算入すべき金額に相当するもの若しくは資産の取得費に相当するものとして政令で定める金額又は法人税法第二十二条第三項各号に掲げる額に相当するものをいう。）が過大となる場合における当該内部取引に限る。以下この条において「特定内部取引」という。）につき、当該特定国外事業所等に係る外国の租税に関する権限のある機関が、当該居住者又は当該内国法人に係る当該外国の租税の課税標準又は欠損の金額（所得税法第百六十一条第一項第一号に掲げる国内源泉所得又は法人税法第百三十八条第一項第一号に掲げる国内源泉所得に相当する所得に係るものに限る。）の計算に関して、当該特定内部取引が独立の事業者の間で通常の取引の条件に従つて行われるとした場合に当該特定内部取引の対価の額とされるべき額は独立企業間価格であると認めたことにつき総務省令、財務省令で定めるところにより国税庁長官の確認を受けたときは、当該居住者のその年分の所得税法第九十五条第一項に規定する国外所得金額に係る同法その他所得税に関する法令の規定又は当該内国法人の当該事業年度の法人税法第六十九条第一項に規定する国外所得金額に係る同法その他法人税に関する法令の規定の適用については、当該特定内部取引は、独立企業間価格によるものとする。
第31条第3項
（外国税額控除等の特例）
第一項の規定は、内国法人が各事業年度又は各連結事業年度において法人税法第六十九条第一項に規定する外国法人税を納付することとなる場合における同条又は同法第八十一条の十五の規定の適用について準用する。
この場合において、第一項第一号中「所得税法第九十五条第四項第十六号」とあるのは「法人税法第六十九条第四項第十五号」と、同項第二号中「所得税法第九十五条第四項各号」とあるのは「法人税法第六十九条第四項各号」と、「所得税法第九十五条第四項に」とあるのは「法人税法第六十九条第四項に」と、同項第三号中「所得税法第九十五条第四項第一号」とあるのは「法人税法第六十九条第四項第一号」と、「事業場等」とあるのは「本店等」と、「事実及び」とあるのは「同項に規定する事実及び」と、同項第四号中「事業場等」とあるのは「本店等」と、「所得税法第二条第一項第十六号」とあるのは「法人税法第二条第二十号」と、「第九十五条第四項第一号」とあるのは「第六十九条第四項第一号」と読み替えるものとする。
変更後
第一項の規定は、内国法人が各事業年度において法人税法第六十九条第一項に規定する外国法人税を納付することとなる場合における同条の規定の適用について準用する。
この場合において、第一項第一号中「所得税法第九十五条第四項第十六号」とあるのは「法人税法第六十九条第四項第十五号」と、同項第二号中「所得税法第九十五条第四項各号」とあるのは「法人税法第六十九条第四項各号」と、「所得税法第九十五条第四項に」とあるのは「法人税法第六十九条第四項に」と、同項第三号中「所得税法第九十五条第四項第一号」とあるのは「法人税法第六十九条第四項第一号」と、「事業場等」とあるのは「本店等」と、「事実及び」とあるのは「同項に規定する事実及び」と、同項第四号中「事業場等」とあるのは「本店等」と、「所得税法第二条第一項第十六号」とあるのは「法人税法第二条第二十号」と、「第九十五条第四項第一号」とあるのは「第六十九条第四項第一号」と読み替えるものとする。
第32条第1項
（国税庁長官の確認があつた場合の更正の請求の特例等）
所得税法第二条第一項第三十七号に規定する確定申告書、法人税法第二条第三十一号に規定する確定申告書若しくは同条第三十二号に規定する連結確定申告書若しくは地方法人税法第二条第十六号に規定する地方法人税確定申告書を提出した者又は決定を受けた者は、所得税等の非課税等に関する規定（第三条第一項、第七条第二十一項及び第二十二項、第十条第一項、第十四条第一項並びに第三十条第一項の規定を含む。）若しくは租税特別措置法第四十条の三の三第一項、第四十一条の十九の五第一項、第六十六条の四第一項、第六十六条の四の三第一項、第六十七条の十八第一項、第六十八条の八十八第一項若しくは第六十八条の百七の二第一項の規定の適用により、又は第十五条第三十項の規定が適用されないことにより、これらの申告書又は決定に係る年分の所得税、事業年度若しくは連結事業年度の法人税又は課税事業年度（地方法人税法第七条に規定する課税事業年度をいう。次項及び第三項において同じ。）の地方法人税の国税通則法第十九条第一項に規定する課税標準等又は税額等に関し、その内容が異なることとなつた場合において、外国の租税に関する権限のある機関が当該外国の所得税又は法人税に相当する税の課税上その異なることとなつた内容を基礎とすることとなると認めたことにつき国税庁長官の確認があつたときは、当該確認の日の翌日から起算して二月以内に、税務署長に対し、同法第二十三条第一項の規定による更正の請求をすることができる。
変更後
所得税法第二条第一項第三十七号に規定する確定申告書、法人税法第二条第三十一号に規定する確定申告書若しくは地方法人税法第二条第十五号に規定する地方法人税確定申告書を提出した者又は決定を受けた者は、所得税等の非課税等に関する規定（第三条第一項、第七条第二十一項及び第二十二項、第十条第一項、第十四条第一項並びに第三十条第一項の規定を含む。）若しくは租税特別措置法第四十条の三の三第一項、第四十一条の十九の五第一項、第六十六条の四第一項、第六十六条の四の三第一項若しくは第六十七条の十八第一項の規定の適用により、又は第十五条第三十項の規定が適用されないことにより、これらの申告書又は決定に係る年分の所得税、事業年度の法人税又は課税事業年度（地方法人税法第七条に規定する課税事業年度をいう。次項及び第三項において同じ。）の地方法人税の国税通則法第十九条第一項に規定する課税標準等又は税額等に関し、その内容が異なることとなつた場合において、外国の租税に関する権限のある機関が当該外国の所得税又は法人税に相当する税の課税上その異なることとなつた内容を基礎とすることとなると認めたことにつき国税庁長官の確認があつたときは、当該確認の日の翌日から起算して二月以内に、税務署長に対し、同法第二十三条第一項の規定による更正の請求をすることができる。
第32条第2項
（国税庁長官の確認があつた場合の更正の請求の特例等）
租税条約等実施特例法第七条第一項の規定は、前項の国税庁長官の確認があつたことにより、居住者の各年分の各種所得の金額（所得税法第二条第一項第二十二号に規定する各種所得の金額をいう。以下この項において同じ。）若しくは内国法人の各事業年度の所得の金額、各連結事業年度の連結所得の金額若しくは各課税事業年度の基準法人税額（地方法人税法第六条に規定する基準法人税額をいう。以下この項において同じ。）又は外国居住者等の各年分の各種所得の金額、各事業年度の所得の金額若しくは各課税事業年度の基準法人税額のうちに減額されるものがある場合について準用する。
この場合において、租税条約等実施特例法第七条第一項中「国税通則法第二十三条第一項又は第二項」とあるのは「外国居住者等の所得に対する相互主義による所得税等の非課税等に関する法律第三十二条第一項」と、「当該合意をした」とあるのは「当該確認があつた」と読み替えるものとする。
変更後
租税条約等実施特例法第七条第一項の規定は、前項の国税庁長官の確認があつたことにより、居住者の各年分の各種所得の金額（所得税法第二条第一項第二十二号に規定する各種所得の金額をいう。以下この項において同じ。）、内国法人の各事業年度の所得の金額若しくは各課税事業年度の基準法人税額（地方法人税法第六条に規定する基準法人税額をいう。以下この項において同じ。）又は外国居住者等の各年分の各種所得の金額、各事業年度の所得の金額若しくは各課税事業年度の基準法人税額のうちに減額されるものがある場合について準用する。
この場合において、租税条約等実施特例法第七条第一項中「国税通則法第二十三条第一項又は第二項」とあるのは「外国居住者等の所得に対する相互主義による所得税等の非課税等に関する法律第三十二条第一項」と、「当該合意をした」とあるのは「当該確認があつた」と読み替えるものとする。
第32条第3項
（国税庁長官の確認があつた場合の更正の請求の特例等）
租税条約等実施特例法第七条第二項の規定は、第一項の国税庁長官の確認があつたことにより、居住者の各年分の所得税法第九十五条第一項に規定する国外所得金額又は内国法人の各事業年度の法人税法第六十九条第一項に規定する国外所得金額若しくは各連結事業年度の同法第八十一条の十五第一項に規定する連結国外所得金額のうちに増額されるものがあり、かつ、これらの金額が増額されることによつて当該居住者の各年分の所得税の額又は当該内国法人の各事業年度の所得に対する法人税の額、各連結事業年度の連結所得に対する法人税の額若しくは各課税事業年度の地方法人税の額のうちに減額されるものがある場合について準用する。
この場合において、租税条約等実施特例法第七条第二項中「更正の請求」とあるのは「外国居住者等の所得に対する相互主義による所得税等の非課税等に関する法律第三十二条第一項の規定による更正の請求」と、「当該合意をした」とあるのは「当該確認があつた」と読み替えるものとする。
変更後
租税条約等実施特例法第七条第二項の規定は、第一項の国税庁長官の確認があつたことにより、居住者の各年分の所得税法第九十五条第一項に規定する国外所得金額又は内国法人の各事業年度の法人税法第六十九条第一項に規定する国外所得金額のうちに増額されるものがあり、かつ、これらの金額が増額されることによつて当該居住者の各年分の所得税の額又は当該内国法人の各事業年度の所得に対する法人税の額若しくは各課税事業年度の地方法人税の額のうちに減額されるものがある場合について準用する。
この場合において、租税条約等実施特例法第七条第二項中「更正の請求」とあるのは「外国居住者等の所得に対する相互主義による所得税等の非課税等に関する法律第三十二条第一項の規定による更正の請求」と、「当該合意をした」とあるのは「当該確認があつた」と読み替えるものとする。
第32条第4項
（国税庁長官の確認があつた場合の更正の請求の特例等）
租税条約等実施特例法第七条第三項の規定は、第二項において準用する同条第一項の更正をする場合において、内国法人の同項の規定により減額される所得の金額又は連結所得の金額のうちに外国居住者等に支払われない金額があるときについて準用する。
変更後
租税条約等実施特例法第七条第三項の規定は、第二項において準用する同条第一項の更正をする場合において、内国法人の同項の規定により減額される所得の金額のうちに外国居住者等に支払われない金額があるときについて準用する。
第32条第5項
（国税庁長官の確認があつた場合の更正の請求の特例等）
租税条約等実施特例法第七条第四項の規定は、第二項において準用する同条第一項の更正を受けた居住者、内国法人若しくは外国居住者等又は第三項において準用する同条第二項の更正を受けた居住者若しくは内国法人について準用する。
この場合において、同条第四項の表所得税法第百五十三条の項及び法人税法第八十条の二の項中「租税条約等の実施に伴う所得税法、法人税法及び地方税法の特例等に関する法律」とあるのは「外国居住者等の所得に対する相互主義による所得税等の非課税等に関する法律第三十二条第二項又は第三項（国税庁長官の確認があつた場合の更正の請求の特例等）において準用する租税条約等の実施に伴う所得税法、法人税法及び地方税法の特例等に関する法律」と、同表法人税法第八十二条の項中「租税条約等実施特例法」とあるのは「外国居住者等の所得に対する相互主義による所得税等の非課税等に関する法律第三十二条第二項又は第三項（国税庁長官の確認があつた場合の更正の請求の特例等）において準用する租税条約等実施特例法」と、同表法人税法第百四十五条の項中「租税条約等実施特例法」とあるのは「外国居住者等の所得に対する相互主義による所得税等の非課税等に関する法律第三十二条第二項（国税庁長官の確認があつた場合の更正の請求の特例等）において準用する租税条約等実施特例法」と、同表地方法人税法第二十四条の項中「租税条約等の実施に伴う所得税法、法人税法及び地方税法の特例等に関する法律」とあるのは「外国居住者等の所得に対する相互主義による所得税等の非課税等に関する法律第三十二条第二項又は第三項において準用する租税条約等の実施に伴う所得税法、法人税法及び地方税法の特例等に関する法律」と読み替えるものとする。
変更後
租税条約等実施特例法第七条第四項の規定は、第二項において準用する同条第一項の更正を受けた居住者、内国法人若しくは外国居住者等又は第三項において準用する同条第二項の更正を受けた居住者若しくは内国法人について準用する。
この場合において、同条第四項の表所得税法第百五十三条の項及び法人税法第八十二条の項中「租税条約等の実施に伴う所得税法、法人税法及び地方税法の特例等に関する法律」とあるのは「外国居住者等の所得に対する相互主義による所得税等の非課税等に関する法律第三十二条第二項又は第三項（国税庁長官の確認があつた場合の更正の請求の特例等）において準用する租税条約等の実施に伴う所得税法、法人税法及び地方税法の特例等に関する法律」と、同表法人税法第百四十五条の項中「租税条約等実施特例法」とあるのは「外国居住者等の所得に対する相互主義による所得税等の非課税等に関する法律第三十二条第二項（国税庁長官の確認があつた場合の更正の請求の特例等）において準用する租税条約等実施特例法」と、同表地方法人税法第二十四条の項中「租税条約等の実施に伴う所得税法、法人税法及び地方税法の特例等に関する法律」とあるのは「外国居住者等の所得に対する相互主義による所得税等の非課税等に関する法律第三十二条第二項又は第三項において準用する租税条約等の実施に伴う所得税法、法人税法及び地方税法の特例等に関する法律」と読み替えるものとする。
第33条第4項
（源泉徴収による所得税に係る特別過誤納金の支給）
延滞税過誤納相当額、不納付加算税過誤納相当額及び重加算税過誤納相当額（以下この項において「附帯税過誤納相当額」という。）については所得税を課さないものとし、附帯税過誤納相当額の額は法人の各事業年度の所得の金額又は各連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額に算入しないものとする。
変更後
延滞税過誤納相当額、不納付加算税過誤納相当額及び重加算税過誤納相当額（以下この項において「附帯税過誤納相当額」という。）については所得税を課さないものとし、附帯税過誤納相当額の額は法人の各事業年度の所得の金額の計算上益金の額に算入しないものとする。
第34条第4項
（個人の住民税に係る特別過誤納金の支給）
延滞金過誤納相当額、不申告加算金過誤納相当額及び重加算金過誤納相当額の額は、法人の各事業年度の所得の金額又は各連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額に算入しないものとする。
変更後
延滞金過誤納相当額、不申告加算金過誤納相当額及び重加算金過誤納相当額の額は、法人の各事業年度の所得の金額の計算上益金の額に算入しないものとする。
第34条第12項
（個人の住民税に係る特別過誤納金の支給）
特別過誤納金（特別徴収義務者に対して支給されるものを除く。）、延滞金過誤納相当額、不申告加算金過誤納相当額及び重加算金過誤納相当額については所得税を課さないものとし、延滞金過誤納相当額、不申告加算金過誤納相当額及び重加算金過誤納相当額の額は法人の各事業年度の所得の金額又は各連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額に算入しないものとする。
変更後
特別過誤納金（特別徴収義務者に対して支給されるものを除く。）、延滞金過誤納相当額、不申告加算金過誤納相当額及び重加算金過誤納相当額については所得税を課さないものとし、延滞金過誤納相当額、不申告加算金過誤納相当額及び重加算金過誤納相当額の額は法人の各事業年度の所得の金額の計算上益金の額に算入しないものとする。
第35条第1項
（外国居住者等との間の取引につき国外関連者との取引に係る課税の特例の適用がある場合の延滞税の免除）
法人と当該法人に係る租税特別措置法第六十六条の四第一項又は第六十八条の八十八第一項に規定する国外関連者（外国居住者等に該当するものに限る。以下この条、次条第一項及び第三十八条において「特定国外関連者」という。）との間の国外関連取引（同法第六十六条の四第一項又は第六十八条の八十八第一項に規定する国外関連取引をいう。以下この条、次条第一項及び第三十八条において同じ。）につき同法第六十六条の四第一項又は第六十八条の八十八第一項の規定の適用がある場合において、当該国外関連取引に係るこれらの規定に規定する独立企業間価格につき第三十二条第一項の国税庁長官の確認があつたことその他の政令で定める要件を満たすときは、国税局長又は税務署長は、政令で定めるところにより、当該法人が同法第六十六条の四第一項又は第六十八条の八十八第一項の規定の適用により納付すべき法人税に係る延滞税及び地方法人税に係る延滞税のうちその計算の基礎となる期間で、当該特定国外関連者に係る外国の租税に関する権限のある機関が当該独立企業間価格に相当する金額に基づき当該特定国外関連者に係る当該外国の租税を減額し、かつ、その減額により還付をする金額に付さないこととした国税通則法第五十八条第一項に規定する還付加算金に相当する金額の計算の基礎となる期間につき国税庁長官の確認があつた場合における当該期間に相当する期間に対応する部分に相当する金額を免除することができる。
変更後
法人と当該法人に係る租税特別措置法第六十六条の四第一項に規定する国外関連者（外国居住者等に該当するものに限る。以下この条、次条第一項及び第三十八条において「特定国外関連者」という。）との間の国外関連取引（同法第六十六条の四第一項に規定する国外関連取引をいう。以下この条、次条第一項及び第三十八条において同じ。）につき同法第六十六条の四第一項の規定の適用がある場合において、当該国外関連取引に係る同項に規定する独立企業間価格につき第三十二条第一項の国税庁長官の確認があつたことその他の政令で定める要件を満たすときは、国税局長又は税務署長は、政令で定めるところにより、当該法人が同法第六十六条の四第一項の規定の適用により納付すべき法人税に係る延滞税及び地方法人税に係る延滞税のうちその計算の基礎となる期間で、当該特定国外関連者に係る外国の租税に関する権限のある機関が当該独立企業間価格に相当する金額に基づき当該特定国外関連者に係る当該外国の租税を減額し、かつ、その減額により還付をする金額に付さないこととした国税通則法第五十八条第一項に規定する還付加算金に相当する金額の計算の基礎となる期間につき国税庁長官の確認があつた場合における当該期間に相当する期間に対応する部分に相当する金額を免除することができる。
第36条第1項
（外国居住者等との間の取引につき国外関連者との取引に係る課税の特例の適用がある場合の納税の猶予の特例）
法人と当該法人に係る特定国外関連者との間の国外関連取引につき租税特別措置法第六十六条の四第一項又は第六十八条の八十八第一項の規定の適用がある場合において、当該特定国外関連者が当該特定国外関連者に係る外国の租税に関する権限のある機関に対し当該国外関連取引に係る当該外国における課税上の取扱いに関する申立てを行つたと認めるときは、国税通則法第四十六条第一項に規定する税務署長等は、その適用に係る租税特別措置法第六十六条の四第二十七項第一号又は第六十八条の八十八第二十八項第一号に掲げる更正決定により納付すべき法人税の額及び同法第六十六条の四第二十七項第三号又は第六十八条の八十八第二十八項第三号に掲げる更正決定により納付すべき地方法人税の額並びに当該法人税の額及び地方法人税の額に係る国税通則法第六十九条に規定する加算税の額として政令で定めるところにより計算した金額を限度として、当該法人（当該法人が連結法人（法人税法第二条第十二号の七の二に規定する連結法人をいう。以下この章において同じ。）である場合には、当該連結法人に係る連結親法人（法人税法第二条第十二号の六の七に規定する連結親法人をいう。以下この章において同じ。））の申請に基づき、その納期限（国税通則法第三十七条第一項に規定する納期限をいい、当該申請が当該納期限後であるときは当該申請の日とする。）から第三十二条第一項の国税庁長官の確認に基づく更正があつた日（同項の国税庁長官の確認がない場合その他の政令で定める場合にあつては、政令で定める日）の翌日から一月を経過する日までの期間に限り、その納税を猶予することができる。
ただし、当該申請を行う者につき当該申請の時において当該法人税の額及び地方法人税の額以外の国税の滞納がある場合は、この限りでない。
変更後
法人と当該法人に係る特定国外関連者との間の国外関連取引につき租税特別措置法第六十六条の四第一項の規定の適用がある場合において、当該特定国外関連者が当該特定国外関連者に係る外国の租税に関する権限のある機関に対し当該国外関連取引に係る当該外国における課税上の取扱いに関する申立てを行つたと認めるときは、国税通則法第四十六条第一項に規定する税務署長等は、その適用に係る租税特別措置法第六十六条の四第二十七項第一号に掲げる更正決定により納付すべき法人税の額及び同項第三号に掲げる更正決定により納付すべき地方法人税の額並びに当該法人税の額及び地方法人税の額に係る国税通則法第六十九条に規定する加算税の額として政令で定めるところにより計算した金額を限度として、当該法人の申請に基づき、その納期限（同法第三十七条第一項に規定する納期限をいい、当該申請が当該納期限後であるときは当該申請の日とする。）から第三十二条第一項の国税庁長官の確認に基づく更正があつた日（同項の国税庁長官の確認がない場合その他の政令で定める場合にあつては、政令で定める日）の翌日から一月を経過する日までの期間に限り、その納税を猶予することができる。
ただし、当該申請を行う者につき当該申請の時において当該法人税の額及び地方法人税の額以外の国税の滞納がある場合は、この限りでない。
第37条第1項
（外国居住者等の内部取引につき外国法人の内部取引に係る課税の特例の適用がある場合の延滞税の免除等）
第三十五条及び前条第一項の規定は、国内事業所等を有する外国居住者等の所得税法第百六十一条第一項第一号に規定する事業場等若しくは法人税法第百三十八条第一項第一号に規定する本店等と国内事業所等との間の所得税法第百六十一条第一項第一号若しくは法人税法第百三十八条第一項第一号に規定する内部取引の対価の額とした額につき租税特別措置法第四十条の三の三第一項若しくは第六十六条の四の三第一項の規定の適用がある場合又は居住者の所得税法第九十五条第四項第一号に規定する事業場等若しくは内国法人の法人税法第六十九条第四項第一号に規定する本店等と所得税法第九十五条第四項第一号若しくは法人税法第六十九条第四項第一号に規定する国外事業所等（外国に所在するものに限る。）との間の所得税法第九十五条第四項第一号若しくは法人税法第六十九条第四項第一号に規定する内部取引の対価の額とした額につき租税特別措置法第四十一条の十九の五第一項、第六十七条の十八第一項若しくは第六十八条の百七の二第一項の規定の適用がある場合について準用する。
この場合において、第三十五条中「これらの規定」とあるのは「同法第四十条の三の三第一項若しくは第六十六条の四の三第一項に規定する独立企業間価格又は同法第四十一条の十九の五第一項、第六十七条の十八第一項若しくは第六十八条の百七の二第一項」と、「第六十六条の四第一項又は第六十八条の八十八第一項の規定の適用により納付すべき」とあるのは「第四十条の三の三第一項若しくは第六十六条の四の三第一項の規定の適用により納付すべき所得税に係る延滞税若しくは法人税に係る延滞税及び地方法人税に係る延滞税又は同法第四十一条の十九の五第一項、第六十七条の十八第一項若しくは第六十八条の百七の二第一項の規定の適用により納付すべき所得税に係る延滞税若しくは」と、前条第一項中「第六十六条の四第二十七項第一号又は第六十八条の八十八第二十八項第一号」とあるのは「第四十条の三の三第二十二項第一号に掲げる更正決定により納付すべき所得税の額若しくは同法第六十六条の四の三第十四項において準用する同法第六十六条の四第二十七項第一号に掲げる更正決定により納付すべき法人税の額及び同法第六十六条の四の三第十四項において準用する同法第六十六条の四第二十七項第三号に掲げる更正決定により納付すべき地方法人税の額又は同法第四十一条の十九の五第十三項において準用する同法第四十条の三の三第二十二項第一号に掲げる更正決定により納付すべき所得税の額若しくは同法第六十七条の十八第十三項において準用する同法第六十六条の四第二十七項第一号若しくは同法第六十八条の百七の二第十三項において準用する同法第六十八条の八十八第二十八項第一号」と、「第六十六条の四第二十七項第三号又は第六十八条の八十八第二十八項第三号」とあるのは「第六十七条の十八第十三項において準用する同法第六十六条の四第二十七項第三号若しくは同法第六十八条の百七の二第十三項において準用する同法第六十八条の八十八第二十八項第三号」と、「当該法人税」とあるのは「当該所得税の額又は法人税」と読み替えるものとする。
変更後
第三十五条及び前条第一項の規定は、国内事業所等を有する外国居住者等の所得税法第百六十一条第一項第一号に規定する事業場等若しくは法人税法第百三十八条第一項第一号に規定する本店等と国内事業所等との間の所得税法第百六十一条第一項第一号若しくは法人税法第百三十八条第一項第一号に規定する内部取引の対価の額とした額につき租税特別措置法第四十条の三の三第一項若しくは第六十六条の四の三第一項の規定の適用がある場合又は居住者の所得税法第九十五条第四項第一号に規定する事業場等若しくは内国法人の法人税法第六十九条第四項第一号に規定する本店等と所得税法第九十五条第四項第一号若しくは法人税法第六十九条第四項第一号に規定する国外事業所等（外国に所在するものに限る。）との間の所得税法第九十五条第四項第一号若しくは法人税法第六十九条第四項第一号に規定する内部取引の対価の額とした額につき租税特別措置法第四十一条の十九の五第一項若しくは第六十七条の十八第一項の規定の適用がある場合について準用する。
この場合において、第三十五条中「同項」とあるのは「同法第四十条の三の三第一項若しくは第六十六条の四の三第一項に規定する独立企業間価格又は同法第四十一条の十九の五第一項若しくは第六十七条の十八第一項」と、「第六十六条の四第一項の規定の適用により納付すべき」とあるのは「第四十条の三の三第一項若しくは第六十六条の四の三第一項の規定の適用により納付すべき所得税に係る延滞税若しくは法人税に係る延滞税及び地方法人税に係る延滞税又は同法第四十一条の十九の五第一項若しくは第六十七条の十八第一項の規定の適用により納付すべき所得税に係る延滞税若しくは」と、前条第一項中「第六十六条の四第二十七項第一号」とあるのは「第四十条の三の三第二十二項第一号に掲げる更正決定により納付すべき所得税の額若しくは同法第六十六条の四の三第十四項において準用する同法第六十六条の四第二十七項第一号に掲げる更正決定により納付すべき法人税の額及び同法第六十六条の四の三第十四項において準用する同法第六十六条の四第二十七項第三号に掲げる更正決定により納付すべき地方法人税の額又は同法第四十一条の十九の五第十三項において準用する同法第四十条の三の三第二十二項第一号に掲げる更正決定により納付すべき所得税の額若しくは同法第六十七条の十八第十三項において準用する同法第六十六条の四第二十七項第一号」と、「同項第三号」とあるのは「同法第六十七条の十八第十三項において準用する同法第六十六条の四第二十七項第三号」と、「当該法人税」とあるのは「当該所得税の額又は法人税」と読み替えるものとする。
第38条第1項
（外国居住者等との間の取引につき国外関連者との取引に係る課税の特例の適用がある場合等の徴収猶予の特例）
道府県知事は、法人と当該法人に係る特定国外関連者との間の国外関連取引につき租税特別措置法第六十六条の四第一項若しくは第六十八条の八十八第一項の規定の適用がある場合、国内事業所等を有する外国居住者等の法人税法第百三十八条第一項第一号に規定する本店等と国内事業所等との間の同号に規定する内部取引の対価の額とした額につき租税特別措置法第六十六条の四の三第一項の規定の適用がある場合又は内国法人の法人税法第六十九条第四項第一号に規定する本店等と同号に規定する国外事業所等（外国に所在するものに限る。）との間の同号に規定する内部取引の対価の額とした額につき租税特別措置法第六十七条の十八第一項若しくは第六十八条の百七の二第一項の規定の適用がある場合において、第三十六条第一項（前条第一項において準用する場合を含む。）に規定する課税上の取扱いに関する申立て（以下第四十条までにおいて「課税上の取扱いに関する申立て」という。）を行つたと認められるときは、当該法人（当該法人が連結法人である場合には、当該連結法人に係る連結親法人又は当該連結親法人との間に連結完全支配関係（法人税法第二条第十二号の七の七に掲げる連結完全支配関係をいう。以下この条において同じ。）がある連結子法人（法人税法第二条第十二号の七に掲げる連結子法人をいう。以下この条において同じ。）。次条第一項から第三項までにおいて「対象法人」という。）の申請に基づき、その適用に係る租税特別措置法第六十六条の四第二十七項第一号（同法第六十六条の四の三第十四項及び第六十七条の十八第十三項において準用する場合を含む。以下この条及び次条において同じ。）又は第六十八条の八十八第二十八項第一号（同法第六十八条の百七の二第十三項において準用する場合を含む。以下この条及び次条において同じ。）に掲げる更正決定に係る法人税額（地方税法第二十三条第一項第四号に掲げる法人税額をいい、当該課税上の取扱いに関する申立てに係る第三十二条第一項の国税庁長官の確認の対象となるものに限る。以下この項及び第五項並びに次条において同じ。）又は連結法人税額（地方税法第五十三条第四項に規定する連結法人税額をいい、当該課税上の取扱いに関する申立てに係る第三十二条第一項の国税庁長官の確認の対象となるものに限る。以下この項及び第五項並びに次条において同じ。）に係る個別帰属法人税額（地方税法第二十三条第一項第四号の二に掲げる個別帰属法人税額をいい、当該申請をした連結親法人又は当該連結親法人との間に連結完全支配関係がある連結子法人に係るものに限る。以下この項及び第五項並びに次条において同じ。）に基づいて地方税法第五十三条第二十三項の規定により申告納付すべき法人税割（同法第二十三条第一項第三号に掲げる法人税割をいう。以下この項及び第五項において同じ。）の額又は当該更正決定に係る法人税額若しくは連結法人税額に係る個別帰属法人税額に基づいて道府県知事が同法第五十五条第一項若しくは第二項の規定によつて更正若しくは決定をした場合における当該更正若しくは決定により納付すべき法人税割の額を限度として、同法第五十三条第二十三項又は第五十六条第一項の規定による納付すべき日又は納期限（当該申請が当該納付すべき日又は納期限後であるときは、当該申請の日とする。）から第三十二条第一項の国税庁長官の確認に基づく国税通則法第二十六条の規定による更正に係る法人税額又は連結法人税額に係る個別帰属法人税額に基づいて道府県知事が地方税法第五十五条第一項又は第三項の規定によつて更正をした場合における当該更正があつた日（第三十二条第一項の国税庁長官の確認がない場合その他の政令で定める場合には、政令で定める日）の翌日から一月を経過する日までの期間に限り、その徴収を猶予することができる。
ただし、当該申請を行う者につき当該申請の時において当該法人税割の額又は当該課税上の取扱いに関する申立てに係る租税特別措置法第六十六条の四第二十七項第一号若しくは第六十八条の八十八第二十八項第一号に掲げる更正決定に係る法人税額の課税標準とされた所得若しくは連結所得に係る個別所得金額（地方税法第七十二条の十八に規定する個別所得金額をいう。以下この条及び次条において同じ。）に基づいて地方税法第七十二条の三十一第三項の規定により申告納付すべき所得割（同法第七十二条第三号に掲げる所得割をいう。以下この項及び第五項において同じ。）の額若しくは付加価値割（同法第七十二条第一号に掲げる付加価値割をいう。以下この項及び第五項において同じ。）の額若しくは当該更正決定に係る法人税額の課税標準とされた所得若しくは連結所得に係る個別所得金額に基づいて道府県知事が同法第七十二条の三十九第一項若しくは第二項若しくは第七十二条の四十一の二第一項若しくは第二項の規定によつて更正若しくは決定をした場合における当該更正若しくは決定により納付すべき所得割の額若しくは付加価値割の額以外の当該道府県の地方税の滞納がある場合は、この限りでない。
変更後
道府県知事は、法人と当該法人に係る特定国外関連者との間の国外関連取引につき租税特別措置法第六十六条の四第一項の規定の適用がある場合、国内事業所等を有する外国居住者等の法人税法第百三十八条第一項第一号に規定する本店等と国内事業所等との間の同号に規定する内部取引の対価の額とした額につき租税特別措置法第六十六条の四の三第一項の規定の適用がある場合又は内国法人の法人税法第六十九条第四項第一号に規定する本店等と同号に規定する国外事業所等（外国に所在するものに限る。）との間の同号に規定する内部取引の対価の額とした額につき租税特別措置法第六十七条の十八第一項の規定の適用がある場合において、第三十六条第一項（前条第一項において準用する場合を含む。）に規定する課税上の取扱いに関する申立て（以下第四十条までにおいて「課税上の取扱いに関する申立て」という。）を行つたと認められるときは、当該法人（次条第一項から第三項までにおいて「対象法人」という。）の申請に基づき、その適用に係る租税特別措置法第六十六条の四第二十七項第一号（同法第六十六条の四の三第十四項及び第六十七条の十八第十三項において準用する場合を含む。以下この条及び次条において同じ。）に掲げる更正決定に係る法人税額（地方税法第二十三条第一項第四号に掲げる法人税額をいい、当該課税上の取扱いに関する申立てに係る第三十二条第一項の国税庁長官の確認の対象となるものに限る。以下この項及び第五項並びに次条において同じ。）に基づいて地方税法第五十三条第三十五項の規定により申告納付すべき法人税割（同法第二十三条第一項第三号に掲げる法人税割をいう。以下この項及び第五項において同じ。）の額又は当該更正決定に係る法人税額に基づいて道府県知事が同法第五十五条第一項若しくは第二項の規定によつて更正若しくは決定をした場合における当該更正若しくは決定により納付すべき法人税割の額を限度として、同法第五十三条第三十五項又は第五十六条第一項の規定による納付すべき日又は納期限（当該申請が当該納付すべき日又は納期限後であるときは、当該申請の日とする。）から第三十二条第一項の国税庁長官の確認に基づく国税通則法第二十六条の規定による更正に係る法人税額に基づいて道府県知事が地方税法第五十五条第一項又は第三項の規定によつて更正をした場合における当該更正があつた日（第三十二条第一項の国税庁長官の確認がない場合その他の政令で定める場合には、政令で定める日）の翌日から一月を経過する日までの期間に限り、その徴収を猶予することができる。
ただし、当該申請を行う者につき当該申請の時において当該法人税割の額又は当該課税上の取扱いに関する申立てに係る租税特別措置法第六十六条の四第二十七項第一号に掲げる更正決定に係る法人税額の課税標準とされた所得に基づいて地方税法第七十二条の三十一第三項の規定により申告納付すべき所得割（同法第七十二条第三号に掲げる所得割をいう。以下この項及び第五項において同じ。）の額若しくは付加価値割（同法第七十二条第一号に掲げる付加価値割をいう。以下この項及び第五項において同じ。）の額若しくは当該更正決定に係る法人税額の課税標準とされた所得に基づいて道府県知事が同法第七十二条の三十九第一項若しくは第二項若しくは第七十二条の四十一の二第一項若しくは第二項の規定によつて更正若しくは決定をした場合における当該更正若しくは決定により納付すべき所得割の額若しくは付加価値割の額以外の当該道府県の地方税の滞納がある場合は、この限りでない。
第38条第2項
（外国居住者等との間の取引につき国外関連者との取引に係る課税の特例の適用がある場合等の徴収猶予の特例）
地方税法第五十五条の二第二項から第六項まで及び第五十五条の四第二項から第六項までの規定は、前項の規定を適用する場合について準用する。
この場合において、次の表の上欄に掲げる同法の規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句に読み替えるものとする。
変更後
地方税法第五十五条の二第二項から第六項までの規定は、前項の規定を適用する場合について準用する。
この場合において、次の表の上欄に掲げる同法の規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句に読み替えるものとする。
第38条第3項
（外国居住者等との間の取引につき国外関連者との取引に係る課税の特例の適用がある場合等の徴収猶予の特例）
市町村長は、法人と当該法人に係る特定国外関連者との間の国外関連取引につき租税特別措置法第六十六条の四第一項若しくは第六十八条の八十八第一項の規定の適用がある場合、国内事業所等を有する外国居住者等の法人税法第百三十八条第一項第一号に規定する本店等と国内事業所等との間の同号に規定する内部取引の対価の額とした額につき租税特別措置法第六十六条の四の三第一項の規定の適用がある場合又は内国法人の法人税法第六十九条第四項第一号に規定する本店等と同号に規定する国外事業所等（外国に所在するものに限る。）との間の同号に規定する内部取引の対価の額とした額につき租税特別措置法第六十七条の十八第一項若しくは第六十八条の百七の二第一項の規定の適用がある場合において、課税上の取扱いに関する申立てを行つたと認められるときは、当該法人（当該法人が連結法人である場合には、当該連結法人に係る連結親法人又は当該連結親法人との間に連結完全支配関係がある連結子法人）の申請に基づき、その適用に係る同法第六十六条の四第二十七項第一号又は第六十八条の八十八第二十八項第一号に掲げる更正決定に係る法人税額（地方税法第二百九十二条第一項第四号に掲げる法人税額をいい、当該課税上の取扱いに関する申立てに係る第三十二条第一項の国税庁長官の確認の対象となるものに限る。以下この項において同じ。）又は連結法人税額（地方税法第三百二十一条の八第四項に規定する連結法人税額をいい、当該課税上の取扱いに関する申立てに係る第三十二条第一項の国税庁長官の確認の対象となるものに限る。以下この項において同じ。）に係る個別帰属法人税額（地方税法第二百九十二条第一項第四号の二に掲げる個別帰属法人税額をいい、当該申請をした連結親法人又は当該連結親法人との間に連結完全支配関係がある連結子法人に係るものに限る。以下この項において同じ。）に基づいて地方税法第三百二十一条の八第二十三項の規定により申告納付すべき法人税割（同法第二百九十二条第一項第三号に掲げる法人税割をいう。以下この項において同じ。）の額又は当該更正決定に係る法人税額若しくは連結法人税額に係る個別帰属法人税額に基づいて市町村長が同法第三百二十一条の十一第一項若しくは第二項の規定によつて更正若しくは決定をした場合における当該更正若しくは決定により納付すべき法人税割の額を限度として、同法第三百二十一条の八第二十三項又は第三百二十一条の十二第一項の規定による納付すべき日又は納期限（当該申請が当該納付すべき日又は納期限後であるときは、当該申請の日とする。）から第三十二条第一項の国税庁長官の確認に基づく国税通則法第二十六条の規定による更正に係る法人税額又は連結法人税額に係る個別帰属法人税額に基づいて市町村長が地方税法第三百二十一条の十一第一項又は第三項の規定によつて更正をした場合における当該更正があつた日（第三十二条第一項の国税庁長官の確認がない場合その他の政令で定める場合には、政令で定める日）の翌日から一月を経過する日までの期間に限り、その徴収を猶予することができる。
ただし、当該申請を行う者につき当該申請の時において当該法人税割の額以外の当該市町村の地方税の滞納がある場合は、この限りでない。
変更後
市町村長は、法人と当該法人に係る特定国外関連者との間の国外関連取引につき租税特別措置法第六十六条の四第一項の規定の適用がある場合、国内事業所等を有する外国居住者等の法人税法第百三十八条第一項第一号に規定する本店等と国内事業所等との間の同号に規定する内部取引の対価の額とした額につき租税特別措置法第六十六条の四の三第一項の規定の適用がある場合又は内国法人の法人税法第六十九条第四項第一号に規定する本店等と同号に規定する国外事業所等（外国に所在するものに限る。）との間の同号に規定する内部取引の対価の額とした額につき租税特別措置法第六十七条の十八第一項の規定の適用がある場合において、課税上の取扱いに関する申立てを行つたと認められるときは、当該法人の申請に基づき、その適用に係る同法第六十六条の四第二十七項第一号に掲げる更正決定に係る法人税額（地方税法第二百九十二条第一項第四号に掲げる法人税額をいい、当該課税上の取扱いに関する申立てに係る第三十二条第一項の国税庁長官の確認の対象となるものに限る。以下この項において同じ。）に基づいて地方税法第三百二十一条の八第三十五項の規定により申告納付すべき法人税割（同法第二百九十二条第一項第三号に掲げる法人税割をいう。以下この項において同じ。）の額又は当該更正決定に係る法人税額に基づいて市町村長が同法第三百二十一条の十一第一項若しくは第二項の規定によつて更正若しくは決定をした場合における当該更正若しくは決定により納付すべき法人税割の額を限度として、同法第三百二十一条の八第三十五項又は第三百二十一条の十二第一項の規定による納付すべき日又は納期限（当該申請が当該納付すべき日又は納期限後であるときは、当該申請の日とする。）から第三十二条第一項の国税庁長官の確認に基づく国税通則法第二十六条の規定による更正に係る法人税額に基づいて市町村長が地方税法第三百二十一条の十一第一項又は第三項の規定によつて更正をした場合における当該更正があつた日（第三十二条第一項の国税庁長官の確認がない場合その他の政令で定める場合には、政令で定める日）の翌日から一月を経過する日までの期間に限り、その徴収を猶予することができる。
ただし、当該申請を行う者につき当該申請の時において当該法人税割の額以外の当該市町村の地方税の滞納がある場合は、この限りでない。
第38条第4項
（外国居住者等との間の取引につき国外関連者との取引に係る課税の特例の適用がある場合等の徴収猶予の特例）
地方税法第三百二十一条の十一の二第二項から第六項まで及び第三百二十一条の十一の三第二項から第六項までの規定は、前項の規定を適用する場合について準用する。
この場合において、次の表の上欄に掲げる同法の規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句に読み替えるものとする。
変更後
地方税法第三百二十一条の十一の二第二項から第六項までの規定は、前項の規定を適用する場合について準用する。
この場合において、次の表の上欄に掲げる同法の規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句に読み替えるものとする。
第38条第5項
（外国居住者等との間の取引につき国外関連者との取引に係る課税の特例の適用がある場合等の徴収猶予の特例）
道府県知事は、法人と当該法人に係る特定国外関連者との間の国外関連取引につき租税特別措置法第六十六条の四第一項若しくは第六十八条の八十八第一項の規定の適用がある場合、国内事業所等を有する外国居住者等の法人税法第百三十八条第一項第一号に規定する本店等と国内事業所等との間の同号に規定する内部取引の対価の額とした額につき租税特別措置法第六十六条の四の三第一項の規定の適用がある場合又は内国法人の法人税法第六十九条第四項第一号に規定する本店等と同号に規定する国外事業所等（外国に所在するものに限る。）との間の同号に規定する内部取引の対価の額とした額につき租税特別措置法第六十七条の十八第一項若しくは第六十八条の百七の二第一項の規定の適用がある場合において、課税上の取扱いに関する申立てを行つたと認められるときは、当該法人（当該法人が連結法人である場合には、当該連結法人に係る連結親法人又は当該連結親法人との間に連結完全支配関係がある連結子法人。次条第六項から第八項までにおいて「対象法人」という。）の申請に基づき、その適用に係る同法第六十六条の四第二十七項第一号又は第六十八条の八十八第二十八項第一号に掲げる更正決定に係る法人税額の課税標準とされた所得又は連結所得に係る個別所得金額（当該申請をした連結親法人又は当該連結親法人との間に連結完全支配関係がある連結子法人に係るものに限る。以下この項において同じ。）に基づいて地方税法第七十二条の三十一第三項の規定により申告納付すべき所得割の額若しくは付加価値割の額又は当該更正決定に係る法人税額の課税標準とされた所得若しくは連結所得に係る個別所得金額に基づいて道府県知事が同法第七十二条の三十九第一項若しくは第二項若しくは第七十二条の四十一の二第一項若しくは第二項の規定によつて更正若しくは決定をした場合における当該更正若しくは決定により納付すべき所得割の額若しくは付加価値割の額並びに当該所得割の額又は付加価値割の額に係る過少申告加算金、不申告加算金及び重加算金として政令で定めるところにより計算した金額の合計額を限度として、同法第七十二条の三十一第三項又は第七十二条の四十四第一項の規定による納期限（当該申請が当該納期限後であるときは、当該申請の日とする。）から第三十二条第一項の国税庁長官の確認に基づく国税通則法第二十六条の規定による更正に係る法人税額の課税標準とされた所得又は連結所得に係る個別所得金額に基づいて道府県知事が地方税法第七十二条の三十九第一項若しくは第三項又は第七十二条の四十一の二第一項若しくは第三項の規定によつて更正をした場合における当該更正があつた日（第三十二条第一項の国税庁長官の確認がない場合その他の政令で定める場合には、政令で定める日）の翌日から一月を経過する日までの期間に限り、その徴収を猶予することができる。
ただし、当該申請を行う者につき当該申請の時において当該所得割の額若しくは付加価値割の額又は当該課税上の取扱いに関する申立てに係る租税特別措置法第六十六条の四第二十七項第一号若しくは第六十八条の八十八第二十八項第一号に掲げる更正決定に係る法人税額若しくは連結法人税額に係る個別帰属法人税額に基づいて地方税法第五十三条第二十三項の規定により申告納付すべき法人税割の額若しくは当該更正決定に係る法人税額若しくは連結法人税額に係る個別帰属法人税額に基づいて道府県知事が同法第五十五条第一項若しくは第二項の規定によつて更正若しくは決定をした場合における当該更正若しくは決定により納付すべき法人税割の額以外の当該道府県の地方税の滞納がある場合は、この限りでない。
変更後
道府県知事は、法人と当該法人に係る特定国外関連者との間の国外関連取引につき租税特別措置法第六十六条の四第一項の規定の適用がある場合、国内事業所等を有する外国居住者等の法人税法第百三十八条第一項第一号に規定する本店等と国内事業所等との間の同号に規定する内部取引の対価の額とした額につき租税特別措置法第六十六条の四の三第一項の規定の適用がある場合又は内国法人の法人税法第六十九条第四項第一号に規定する本店等と同号に規定する国外事業所等（外国に所在するものに限る。）との間の同号に規定する内部取引の対価の額とした額につき租税特別措置法第六十七条の十八第一項の規定の適用がある場合において、課税上の取扱いに関する申立てを行つたと認められるときは、当該法人（次条第六項から第八項までにおいて「対象法人」という。）の申請に基づき、その適用に係る同法第六十六条の四第二十七項第一号に掲げる更正決定に係る法人税額の課税標準とされた所得に基づいて地方税法第七十二条の三十一第三項の規定により申告納付すべき所得割の額若しくは付加価値割の額又は当該更正決定に係る法人税額の課税標準とされた所得に基づいて道府県知事が同法第七十二条の三十九第一項若しくは第二項若しくは第七十二条の四十一の二第一項若しくは第二項の規定によつて更正若しくは決定をした場合における当該更正若しくは決定により納付すべき所得割の額若しくは付加価値割の額並びに当該所得割の額又は付加価値割の額に係る過少申告加算金、不申告加算金及び重加算金として政令で定めるところにより計算した金額の合計額を限度として、同法第七十二条の三十一第三項又は第七十二条の四十四第一項の規定による納期限（当該申請が当該納期限後であるときは、当該申請の日とする。）から第三十二条第一項の国税庁長官の確認に基づく国税通則法第二十六条の規定による更正に係る法人税額の課税標準とされた所得に基づいて道府県知事が地方税法第七十二条の三十九第一項若しくは第三項又は第七十二条の四十一の二第一項若しくは第三項の規定によつて更正をした場合における当該更正があつた日（第三十二条第一項の国税庁長官の確認がない場合その他の政令で定める場合には、政令で定める日）の翌日から一月を経過する日までの期間に限り、その徴収を猶予することができる。
ただし、当該申請を行う者につき当該申請の時において当該所得割の額若しくは付加価値割の額又は当該課税上の取扱いに関する申立てに係る租税特別措置法第六十六条の四第二十七項第一号に掲げる更正決定に係る法人税額に基づいて地方税法第五十三条第三十五項の規定により申告納付すべき法人税割の額若しくは当該更正決定に係る法人税額に基づいて道府県知事が同法第五十五条第一項若しくは第二項の規定によつて更正若しくは決定をした場合における当該更正若しくは決定により納付すべき法人税割の額以外の当該道府県の地方税の滞納がある場合は、この限りでない。
第38条第6項
（外国居住者等との間の取引につき国外関連者との取引に係る課税の特例の適用がある場合等の徴収猶予の特例）
地方税法第七十二条の三十九の二第二項から第六項まで及び第七十二条の三十九の四第二項から第六項までの規定は、前項の規定を適用する場合について準用する。
この場合において、次の表の上欄に掲げる同法の規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句に読み替えるものとする。
変更後
地方税法第七十二条の三十九の二第二項から第六項までの規定は、前項の規定を適用する場合について準用する。
この場合において、次の表の上欄に掲げる同法の規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句に読み替えるものとする。
第39条第1項
（法人の道府県民税又は法人の事業税の徴収猶予に係る国税庁長官の通知）
国税庁長官は、前条第一項の規定により課税上の取扱いに関する申立てが行われたと認める場合（次項及び第三項において「課税上の取扱いに関する申立てが行われたと認める場合」という。）には、遅滞なく、その旨、当該課税上の取扱いに関する申立てに係る租税特別措置法第六十六条の四第二十七項第一号又は第六十八条の八十八第二十八項第一号に掲げる更正決定に係る法人税額又は連結法人税額に係る個別帰属法人税額その他総務省令、財務省令で定める事項を当該課税上の取扱いに関する申立てに係る対象法人の事務所又は事業所（二以上の道府県において事務所又は事業所を有する対象法人にあつては、その主たる事務所又は事業所。次項及び第三項において同じ。）の所在地の道府県知事に通知しなければならない。
変更後
国税庁長官は、前条第一項の規定により課税上の取扱いに関する申立てが行われたと認める場合（次項及び第三項において「課税上の取扱いに関する申立てが行われたと認める場合」という。）には、遅滞なく、その旨、当該課税上の取扱いに関する申立てに係る租税特別措置法第六十六条の四第二十七項第一号に掲げる更正決定に係る法人税額その他総務省令、財務省令で定める事項を当該課税上の取扱いに関する申立てに係る対象法人の事務所又は事業所（二以上の道府県において事務所又は事業所を有する対象法人にあつては、その主たる事務所又は事業所。次項及び第三項において同じ。）の所在地の道府県知事に通知しなければならない。
第39条第3項
（法人の道府県民税又は法人の事業税の徴収猶予に係る国税庁長官の通知）
国税庁長官は、課税上の取扱いに関する申立てが行われたと認める場合において、第三十二条第一項の国税庁長官の確認が行われたときは、遅滞なく、その旨、当該確認に基づく更正に係る法人税額又は連結法人税額に係る個別帰属法人税額その他総務省令、財務省令で定める事項を当該課税上の取扱いに関する申立てに係る対象法人の事務所又は事業所の所在地の道府県知事に通知しなければならない。
変更後
国税庁長官は、課税上の取扱いに関する申立てが行われたと認める場合において、第三十二条第一項の国税庁長官の確認が行われたときは、遅滞なく、その旨、当該確認に基づく更正に係る法人税額その他総務省令、財務省令で定める事項を当該課税上の取扱いに関する申立てに係る対象法人の事務所又は事業所の所在地の道府県知事に通知しなければならない。
第39条第6項
（法人の道府県民税又は法人の事業税の徴収猶予に係る国税庁長官の通知）
国税庁長官は、前条第五項の規定により課税上の取扱いに関する申立てが行われたと認める場合（次項及び第八項において「課税上の取扱いに関する申立てが行われたと認める場合」という。）には、遅滞なく、その旨、当該課税上の取扱いに関する申立てに係る租税特別措置法第六十六条の四第二十七項第一号又は第六十八条の八十八第二十八項第一号に掲げる更正決定に係る法人税額の課税標準とされた所得又は連結所得に係る個別所得金額その他総務省令、財務省令で定める事項を当該課税上の取扱いに関する申立てに係る対象法人の事務所又は事業所（二以上の道府県において事務所又は事業所を有する対象法人にあつては、その主たる事務所又は事業所。次項及び第八項において同じ。）の所在地の道府県知事に通知しなければならない。
変更後
国税庁長官は、前条第五項の規定により課税上の取扱いに関する申立てが行われたと認める場合（次項及び第八項において「課税上の取扱いに関する申立てが行われたと認める場合」という。）には、遅滞なく、その旨、当該課税上の取扱いに関する申立てに係る租税特別措置法第六十六条の四第二十七項第一号に掲げる更正決定に係る法人税額の課税標準とされた所得その他総務省令、財務省令で定める事項を当該課税上の取扱いに関する申立てに係る対象法人の事務所又は事業所（二以上の道府県において事務所又は事業所を有する対象法人にあつては、その主たる事務所又は事業所。次項及び第八項において同じ。）の所在地の道府県知事に通知しなければならない。
第39条第8項
（法人の道府県民税又は法人の事業税の徴収猶予に係る国税庁長官の通知）
国税庁長官は、課税上の取扱いに関する申立てが行われたと認める場合において、第三十二条第一項の国税庁長官の確認が行われたときは、遅滞なく、その旨、当該確認に基づく更正に係る法人税額の課税標準とされた所得又は連結所得に係る個別所得金額その他総務省令、財務省令で定める事項を当該課税上の取扱いに関する申立てに係る対象法人の事務所又は事業所の所在地の道府県知事に通知しなければならない。
変更後
国税庁長官は、課税上の取扱いに関する申立てが行われたと認める場合において、第三十二条第一項の国税庁長官の確認が行われたときは、遅滞なく、その旨、当該確認に基づく更正に係る法人税額の課税標準とされた所得その他総務省令、財務省令で定める事項を当該課税上の取扱いに関する申立てに係る対象法人の事務所又は事業所の所在地の道府県知事に通知しなければならない。
第40条第2項
（国外事業所等との間の内部取引につき国外所得金額の計算の特例の適用がある場合等の徴収猶予の特例等）
第三十八条第三項の規定は、個人の市町村民税の納税義務者の所得税法第九十五条第四項第一号に規定する事業場等と同号に規定する国外事業所等（外国に所在するものに限る。）との間の同号に規定する内部取引の対価の額とした額につき租税特別措置法第四十一条の十九の五第一項の規定の適用がある場合について準用する。
この場合において、第三十八条第三項中「法人（当該法人が連結法人である場合には、当該連結法人に係る連結親法人又は当該連結親法人との間に連結完全支配関係がある連結子法人）」とあるのは「納税義務者」と、「第六十六条の四第二十七項第一号又は第六十八条の八十八第二十八項第一号」とあるのは「第四十一条の十九の五第十三項において準用する同法第四十条の三の三第二十二項第一号」と、「法人税額（地方税法第二百九十二条第一項第四号に掲げる法人税額をいい、当該課税上の取扱いに関する申立てに係る第三十二条第一項の国税庁長官の確認の対象となるものに限る。以下この項において同じ。）又は連結法人税額（地方税法第三百二十一条の八第四項に規定する連結法人税額をいい、当該課税上の取扱いに関する申立てに係る第三十二条第一項の国税庁長官の確認の対象となるものに限る。以下この項において同じ。）に係る個別帰属法人税額（地方税法第二百九十二条第一項第四号の二に掲げる個別帰属法人税額をいい、当該申請をした連結親法人又は当該連結親法人との間に連結完全支配関係がある連結子法人に係るものに限る。以下この項において同じ。）に基づいて地方税法第三百二十一条の八第二十三項の規定により申告納付すべき法人税割（同法第二百九十二条第一項第三号に掲げる法人税割をいう。以下この項において同じ。）の額又は当該更正決定に係る法人税額若しくは連結法人税額に係る個別帰属法人税額に基づいて市町村長が同法第三百二十一条の十一第一項若しくは第二項の規定によつて更正若しくは決定をした場合における当該更正若しくは決定により納付すべき法人税割の額」とあるのは「所得税の額（当該課税上の取扱いに関する申立てに係る第三十二条第一項の国税庁長官の確認の対象となるものに限る。以下この項において同じ。）の計算の基礎となつた所得に基づいて課された市町村民税額」と、「同法第三百二十一条の八第二十三項又は第三百二十一条の十二第一項の規定による納付すべき日又は納期限（当該申請が当該納付すべき日又は」とあるのは「その納期限（地方税法第三百二十九条第一項に規定する納期限をいい、当該申請が当該」と、「更正に係る法人税額又は連結法人税額に係る個別帰属法人税額」とあるのは「更正に係る所得税の額の計算の基礎となつた所得」と、「地方税法第三百二十一条の十一第一項又は第三項の規定によつて更正をした場合における当該更正があつた」とあるのは「市町村民税を課した」と、「当該法人税割の額」とあるのは「当該市町村民税額」と読み替えるものとする。
変更後
第三十八条第三項の規定は、個人の市町村民税の納税義務者の所得税法第九十五条第四項第一号に規定する事業場等と同号に規定する国外事業所等（外国に所在するものに限る。）との間の同号に規定する内部取引の対価の額とした額につき租税特別措置法第四十一条の十九の五第一項の規定の適用がある場合について準用する。
この場合において、第三十八条第三項中「法人の申請」とあるのは「納税義務者の申請」と、「第六十六条の四第二十七項第一号」とあるのは「第四十一条の十九の五第十三項において準用する同法第四十条の三の三第二十二項第一号」と、「法人税額（地方税法第二百九十二条第一項第四号に掲げる法人税額をいい、当該課税上の取扱いに関する申立てに係る第三十二条第一項の国税庁長官の確認の対象となるものに限る。以下この項において同じ。）に基づいて地方税法第三百二十一条の八第三十五項の規定により申告納付すべき法人税割（同法第二百九十二条第一項第三号に掲げる法人税割をいう。以下この項において同じ。）の額又は当該更正決定に係る法人税額に基づいて市町村長が同法第三百二十一条の十一第一項若しくは第二項の規定によつて更正若しくは決定をした場合における当該更正若しくは決定により納付すべき法人税割の額」とあるのは「所得税の額（当該課税上の取扱いに関する申立てに係る第三十二条第一項の国税庁長官の確認の対象となるものに限る。以下この項において同じ。）の計算の基礎となつた所得に基づいて課された市町村民税額」と、「同法第三百二十一条の八第三十五項又は第三百二十一条の十二第一項の規定による納付すべき日又は納期限（当該申請が当該納付すべき日又は」とあるのは「その納期限（地方税法第三百二十九条第一項に規定する納期限をいい、当該申請が当該」と、「更正に係る法人税額」とあるのは「更正に係る所得税の額の計算の基礎となつた所得」と、「地方税法第三百二十一条の十一第一項又は第三項の規定によつて更正をした場合における当該更正があつた」とあるのは「市町村民税を課した」と、「当該法人税割の額」とあるのは「当該市町村民税額」と読み替えるものとする。
第40条第5項
（国外事業所等との間の内部取引につき国外所得金額の計算の特例の適用がある場合等の徴収猶予の特例等）
第三十八条第五項の規定は、国内事業所等を有する外国居住者等（事業を行う個人に限る。）の所得税法第百六十一条第一項第一号に規定する事業場等と国内事業所等との間の同号に規定する内部取引の対価の額とした額につき租税特別措置法第四十条の三の三第一項の規定の適用がある場合又は事業を行う居住者の所得税法第九十五条第四項第一号に規定する事業場等と同号に規定する国外事業所等（外国に所在するものに限る。）との間の同号に規定する内部取引の対価の額とした額につき租税特別措置法第四十一条の十九の五第一項の規定の適用がある場合について準用する。
この場合において、第三十八条第五項中「法人（当該法人が連結法人である場合には、当該連結法人に係る連結親法人又は当該連結親法人との間に連結完全支配関係がある連結子法人。次条第六項から第八項までにおいて「対象法人」という。）」とあるのは「納税義務者」と、「第六十六条の四第二十七項第一号又は第六十八条の八十八第二十八項第一号」とあるのは「第四十条の三の三第二十二項第一号（同法第四十一条の十九の五第十三項において準用する場合を含む。）」と、「法人税額の課税標準とされた所得又は連結所得に係る個別所得金額（当該申請をした連結親法人又は当該連結親法人との間に連結完全支配関係がある連結子法人に係るものに限る。以下この項において同じ。）に基づいて地方税法第七十二条の三十一第三項の規定により申告納付すべき所得割の額若しくは付加価値割の額又は当該更正決定に係る法人税額の課税標準とされた所得若しくは連結所得に係る個別所得金額に基づいて道府県知事が同法第七十二条の三十九第一項若しくは第二項若しくは第七十二条の四十一の二第一項若しくは第二項の規定によつて更正若しくは決定をした場合における当該更正若しくは決定により納付すべき所得割の額若しくは付加価値割の額並びに当該所得割の額又は付加価値割の額に係る過少申告加算金、不申告加算金及び重加算金として政令で定めるところにより計算した金額の合計額」とあるのは「所得税の額（当該課税上の取扱いに関する申立てに係る第三十二条第一項の国税庁長官の確認の対象となるものに限る。以下この項において同じ。）の計算の基礎となつた所得に基づいて課された事業税額」と、「同法第七十二条の三十一第三項又は第七十二条の四十四第一項の規定による納期限（」とあるのは「その納期限（地方税法第七十二条の六十六第一項に規定する納期限をいい、」と、「法人税額の課税標準とされた所得又は連結所得に係る個別所得金額に基づいて道府県知事が地方税法第七十二条の三十九第一項若しくは第三項又は第七十二条の四十一の二第一項若しくは第三項の規定によつて更正をした場合における当該更正があつた」とあるのは「所得税の額の計算の基礎となつた所得に基づいて道府県知事が事業税を課した」と、「所得割の額若しくは付加価値割の額又は当該課税上の取扱いに関する申立てに係る租税特別措置法第六十六条の四第二十七項第一号若しくは第六十八条の八十八第二十八項第一号に掲げる更正決定に係る法人税額若しくは連結法人税額に係る個別帰属法人税額に基づいて地方税法第五十三条第二十三項の規定により申告納付すべき法人税割の額若しくは当該更正決定に係る法人税額若しくは連結法人税額に係る個別帰属法人税額に基づいて道府県知事が同法第五十五条第一項若しくは第二項の規定によつて更正若しくは決定をした場合における当該更正若しくは決定により納付すべき法人税割の額」とあるのは「事業税額」と読み替えるものとする。
変更後
第三十八条第五項の規定は、国内事業所等を有する外国居住者等（事業を行う個人に限る。）の所得税法第百六十一条第一項第一号に規定する事業場等と国内事業所等との間の同号に規定する内部取引の対価の額とした額につき租税特別措置法第四十条の三の三第一項の規定の適用がある場合又は事業を行う居住者の所得税法第九十五条第四項第一号に規定する事業場等と同号に規定する国外事業所等（外国に所在するものに限る。）との間の同号に規定する内部取引の対価の額とした額につき租税特別措置法第四十一条の十九の五第一項の規定の適用がある場合について準用する。
この場合において、第三十八条第五項中「法人（次条第六項から第八項までにおいて「対象法人」という。）」とあるのは「納税義務者」と、「第六十六条の四第二十七項第一号」とあるのは「第四十条の三の三第二十二項第一号（同法第四十一条の十九の五第十三項において準用する場合を含む。）」と、「法人税額の課税標準とされた所得に基づいて地方税法第七十二条の三十一第三項の規定により申告納付すべき所得割の額若しくは付加価値割の額又は当該更正決定に係る法人税額の課税標準とされた所得に基づいて道府県知事が同法第七十二条の三十九第一項若しくは第二項若しくは第七十二条の四十一の二第一項若しくは第二項の規定によつて更正若しくは決定をした場合における当該更正若しくは決定により納付すべき所得割の額若しくは付加価値割の額並びに当該所得割の額又は付加価値割の額に係る過少申告加算金、不申告加算金及び重加算金として政令で定めるところにより計算した金額の合計額」とあるのは「所得税の額（当該課税上の取扱いに関する申立てに係る第三十二条第一項の国税庁長官の確認の対象となるものに限る。以下この項において同じ。）の計算の基礎となつた所得に基づいて課された事業税額」と、「同法第七十二条の三十一第三項又は第七十二条の四十四第一項の規定による納期限（」とあるのは「その納期限（地方税法第七十二条の六十六第一項に規定する納期限をいい、」と、「法人税額の課税標準とされた所得に基づいて道府県知事が地方税法第七十二条の三十九第一項若しくは第三項又は第七十二条の四十一の二第一項若しくは第三項の規定によつて更正をした場合における当該更正があつた」とあるのは「所得税の額の計算の基礎となつた所得に基づいて道府県知事が事業税を課した」と、「所得割の額若しくは付加価値割の額又は当該課税上の取扱いに関する申立てに係る租税特別措置法第六十六条の四第二十七項第一号に掲げる更正決定に係る法人税額に基づいて地方税法第五十三条第三十五項の規定により申告納付すべき法人税割の額若しくは当該更正決定に係る法人税額に基づいて道府県知事が同法第五十五条第一項若しくは第二項の規定によつて更正若しくは決定をした場合における当該更正若しくは決定により納付すべき法人税割の額」とあるのは「事業税額」と読み替えるものとする。
第41条の2第1項第2号
（報告金融機関等による報告事項の提供）
当該報告事項を記録した光ディスク、磁気テープその他の総務省令、財務省令で定める記録用の媒体を提出する方法
変更後
当該報告事項を記録した光ディスクその他の総務省令、財務省令で定める記録用の媒体を提出する方法
第41条の2第3項
（報告金融機関等による報告事項の提供）
租税条約等実施特例法第十条の七第一項の規定は報告金融機関等との間でその営業所等を通じて特定取引を行つた者若しくはその関係者又は当該報告金融機関等が当該特定取引に係る契約に関する報告事項について第一項の規定による提供を回避することを主たる目的の一つとして当該報告事項に係る行為を行つた場合又はその行為がなかつたならば同項の規定により提供されたであろう報告事項と異なる内容の報告事項を提供させることを主たる目的の一つとして当該行為（当該特定取引に係る契約に関する報告事項に係る行為に限る。）を行つた場合について、同条第二項の規定はこれらの者が当該特定取引に係る契約に関する報告事項について第一項の規定による提供を回避することを主たる目的の一つとして当該報告事項に関し通常行われると認められる行為を行わなかつた場合又はその行為があつたならば同項の規定により提供されたであろう報告事項と異なる内容の報告事項を提供させることを主たる目的の一つとして当該行為（当該特定取引に係る契約に関する報告事項に関し通常行われると認められる行為に限る。）を行わなかつた場合について、それぞれ準用する。この場合において、同条中「前二条」とあるのは、「第十条の五の規定並びに外国居住者等の所得に対する相互主義による所得税等の非課税等に関する法律第四十一条の二第一項及び第二項」と読み替えるものとする。
変更後
租税条約等実施特例法第十条の七第一項の規定は報告金融機関等との間でその営業所等を通じて特定取引を行つた者若しくはその関係者又は当該報告金融機関等が当該特定取引に係る契約に関する報告事項について第一項の規定による提供を回避することを主たる目的の一つとして当該報告事項に係る行為を行つた場合又はその行為がなかつたならば同項の規定により提供されたであろう報告事項と異なる内容の報告事項を提供させることを主たる目的の一つとして当該行為（当該特定取引に係る契約に関する報告事項に係る行為に限る。）を行つた場合について、同条第二項の規定はこれらの者が当該特定取引に係る契約に関する報告事項について第一項の規定による提供を回避することを主たる目的の一つとして当該報告事項に関し通常行われると認められる行為を行わなかつた場合又はその行為があつたならば同項の規定により提供されたであろう報告事項と異なる内容の報告事項を提供させることを主たる目的の一つとして当該行為（当該特定取引に係る契約に関する報告事項に関し通常行われると認められる行為に限る。）を行わなかつた場合について、それぞれ準用する。
この場合において、同条中「前二条」とあるのは、「第十条の五の規定並びに外国居住者等の所得に対する相互主義による所得税等の非課税等に関する法律第四十一条の二第一項及び第二項」と読み替えるものとする。
附則第1条第1項第7号ロ
附則第1条第1項第7号の2
附則第1条第1項第3号ハ
附則第1条第1項第2号
（施行期日）
次に掲げる規定
令和三年一月一日
移動
附則第1条第1項第1号
変更後
第五百九条の規定
公布の日
附則第14条第1項
（連結納税制度の改正に伴う経過措置の原則）
附則第14条第2項
（連結納税制度の改正に伴う経過措置の原則）
追加
別段の定めがあるものを除き、法人の令和四年四月一日前に開始した事業年度（旧事業年度を含む。）の所得に対する法人税及び連結法人（旧法人税法第二条第十二号の七の二に規定する連結法人をいう。以下附則第三十五条までにおいて同じ。）の連結親法人事業年度が同日前に開始した連結事業年度（旧法人税法第十五条の二第一項に規定する連結事業年度をいう。以下附則第三十七条までにおいて同じ。）の連結所得（旧法人税法第二条第十八号の四に規定する連結所得をいう。以下附則第三十五条までにおいて同じ。）に対する法人税並びに法人の同日前に開始した課税事業年度（旧事業年度を含む。）の基準法人税額に対する地方法人税については、旧法人税法、第四条の規定による改正前の地方法人税法（以下「旧地方法人税法」という。）、第十三条の規定による改正前の国税通則法、第十四条の規定による改正前の国税徴収法、第十六条の規定による改正前の租税特別措置法（以下「四年旧措置法」という。）、第十七条の規定（附則第一条第五号ヌに掲げる改正規定に限る。）による改正前の外国居住者等の所得に対する相互主義による所得税等の非課税等に関する法律、第十八条の規定（同号ルに掲げる改正規定に限る。）による改正前の租税条約等の実施に伴う所得税法、法人税法及び地方税法の特例等に関する法律、第二十一条の規定による改正前の電子計算機を使用して作成する国税関係帳簿書類の保存方法等の特例に関する法律、第二十三条の規定による改正前の東日本大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律（以下「四年旧震災特例法」という。）及び第三十条の規定による改正前の所得税法等の一部を改正する法律の規定は、なおその効力を有する。
附則第28条第5項
（外国居住者等の所得に対する相互主義による所得税等の非課税等に関する法律の一部改正に伴う経過措置）
追加
五号施行日前に開始した事業年度（連結子法人の連結親法人事業年度が五号施行日前に開始した事業年度を含む。）分の法人の道府県民税及び五号施行日前に開始した連結事業年度（連結子法人の連結親法人事業年度が五号施行日前に開始した連結事業年度を含む。）分の道府県民税については、旧外国居住者等所得相互免除法第三十八条第一項及び第二項の規定は、なおその効力を有する。
附則第28条第6項
（外国居住者等の所得に対する相互主義による所得税等の非課税等に関する法律の一部改正に伴う経過措置）
追加
五号施行日前に開始した事業年度（連結子法人の連結親法人事業年度が五号施行日前に開始した事業年度を含む。）分の法人の市町村民税及び五号施行日前に開始した連結事業年度（連結子法人の連結親法人事業年度が五号施行日前に開始した連結事業年度を含む。）分の市町村民税については、旧外国居住者等所得相互免除法第三十八条第三項及び第四項の規定は、なおその効力を有する。
附則第28条第7項
（外国居住者等の所得に対する相互主義による所得税等の非課税等に関する法律の一部改正に伴う経過措置）
追加
五号施行日前に開始した事業年度（連結子法人の連結親法人事業年度が五号施行日前に開始した事業年度を含む。）に係る法人の事業税については、旧外国居住者等所得相互免除法第三十八条第五項及び第六項の規定は、なおその効力を有する。
附則第1条第1項
（施行期日）
この法律は、令和三年四月一日から施行する。
ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
変更後
この法律は、刑法等一部改正法施行日から施行する。
ただし、次の各号に掲げる規定は、当該各号に定める日から施行する。
附則第1条第1項第1号
附則第1条第1項第5号
（施行期日）
次に掲げる規定
令和四年一月一日
移動
附則第1条第1項第2号
変更後
第六条の規定（前号、第五号及び第六号に掲げる改正規定並びに同条中国民健康保険法第七十二条の五第一項、第八十二条、第八十六条及び第百四条の改正規定を除く。）及び第七条の規定並びに附則第九条、第十七条及び第十九条の規定並びに附則第二十三条の規定（前号に掲げる改正規定を除く。）
令和四年四月一日
追加
第二条中地方税法第三十二条第十三項及び第十五項、第三十七条の四、第四十五条の二第一項ただし書、第四十五条の三第二項及び第三項、第三百十三条第十三項及び第十五項、第三百十四条の九第一項、第三百十七条の二第一項ただし書並びに第三百十七条の三第二項及び第三項の改正規定並びに同法附則第三十三条の二第二項及び第六項、第三十五条の二の三第一項及び第五項、第三十五条の二の五並びに第三十五条の二の六の改正規定並びに第八条及び第九条並びに附則第四条、第十一条、第十九条及び第二十条の規定
令和六年一月一日
附則第23条第1項
（罰則に関する経過措置）
追加
この法律（附則第一条各号に掲げる規定にあっては、当該規定。以下この条において同じ。）の施行前にした行為並びにこの附則の規定によりなお従前の例によることとされる地方税及び特別法人事業税並びにこの附則の規定によりなお効力を有することとされる旧法の規定に係る地方税に係るこの法律の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
附則第24条第1項
（政令への委任）
追加
この附則に定めるもののほか、この法律の施行に伴い必要な経過措置は、政令で定める。
附則第71条第1項
（外国居住者等の所得に対する相互主義による所得税等の非課税等に関する法律の一部改正に伴う経過措置）
追加
第十五条の規定による改正後の外国居住者等の所得に対する相互主義による所得税等の非課税等に関する法律第三十四条第四項及び第十二項の規定は、法人（外国居住者等の所得に対する相互主義による所得税等の非課税等に関する法律第二条第五号に規定する人格のない社団等を含む。）の施行日以後に開始する事業年度（令和二年改正前法人税法第二条第十二号の七に規定する連結子法人の令和二年改正前法人税法第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度が施行日前に開始した事業年度を除く。）の所得に対する法人税について適用する。
附則第98条第1項
（罰則に関する経過措置）
追加
この法律（附則第一条各号に掲げる規定にあっては、当該規定。以下この条において同じ。）の施行前にした行為並びにこの附則の規定によりなお従前の例によることとされる場合及びこの附則の規定によりなおその効力を有することとされる場合におけるこの法律の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
附則第99条第1項
（政令への委任）
追加
この附則に規定するもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。