保税地域から引き取られる課税物品（石油石炭税法第三条 （課税物件）に規定する原油若しくは石油製品、ガス状炭化水素又は石炭（第十二条及び第十六条において「原油等」という。）で同法第十五条第一項 の承認を受けている者により引き取られるものを除く。第十九条において同じ。）に係る内国消費税に対する国税通則法第三十五条第三項 （過少申告加算税等の納付）の規定の適用については、同項 中「限る。以下この項において同じ」とあるのは「限る」と、「経過する日」とあるのは「経過する日（過少申告加算税又は重加算税（同条第一項 の規定によるものに限る。）であつて、当該一月を経過する日がその納付の基因となつた内国消費税（輸入品に対する内国消費税の徴収等に関する法律（昭和三十年法律第三十七号）第二条第一号（定義）に規定する内国消費税をいう。）に係る課税物品（同条第二号に規定する課税物品をいう。）の関税法第六十七条 （輸出又は輸入の許可）の規定による輸入の許可の日前であるものについては、当該輸入の許可の日）」とする。
変更後
保税地域から引き取られる課税物品に係る内国消費税（石油石炭税法第三条 （課税物件）に規定する原油若しくは石油製品、ガス状炭化水素又は石炭（第十二条及び第十六条において「原油等」という。）で同法第十五条第一項 の承認を受けている者により引き取られるものに係る石油石炭税を除く。第十九条において同じ。）に対する国税通則法第三十五条第三項 （過少申告加算税等の納付）の規定の適用については、同項 中「限る。以下この項において同じ」とあるのは「限る」と、「経過する日」とあるのは「経過する日（過少申告加算税又は同条第一項 若しくは第四項 （同条第一項 の重加算税に係る部分に限る。）の重加算税であつて、当該一月を経過する日がその納付の基因となつた内国消費税（輸入品に対する内国消費税の徴収等に関する法律（昭和三十年法律第三十七号）第二条第一号（定義）に規定する内国消費税をいう。）に係る課税物品（同法第二条第二号に規定する課税物品をいう。）の関税法第六十七条 （輸出又は輸入の許可）の規定による輸入の許可の日前であるものについては、当該輸入の許可の日）」とする。
保税地域から引き取られる課税物品（特例申告に係る課税物品を除く。以下この条において同じ。）に係る内国消費税に対する国税通則法第六十五条 （過少申告加算税）の規定の適用については、同条第一項 中「期限内申告書（還付請求申告書を含む。第三項において同じ。）が提出された場合（期限後申告書が提出された場合において、次条第一項ただし書又は第六項の規定の適用があるときを含む。）」とあるのは「輸入品に対する内国消費税の徴収等に関する法律第六条第一項（引取りに係る課税物品についての申告等の特例）の規定による課税標準及び税額の申告書（第三項及び次条第一項において「当初申告書」という。）が提出された場合」と、「第三十五条第二項（期限後申告等による納付）」とあるのは「第三十五条第二項（修正申告等による納付）又は同法第六条第四項（引取り前における修正申告等の特例）若しくは第九条第一項（輸入の許可前における引取りに係る納付）」と、同条第二項中「期限内申告税額」とあるのは「当初申告税額」と、同条第三項第一号中「第三十五条第二項」とあるのは「第三十五条第二項又は輸入品に対する内国消費税の徴収等に関する法律第六条第四項若しくは第九条第一項」と、同項第二号中「期限内申告税額」とあるのは「当初申告税額」と、「期限内申告書（次条第一項ただし書又は第六項の規定の適用がある場合には、期限後申告書を含む。）」とあるのは「当初申告書」と、「第三十五条第一項又は第二項」とあるのは「第三十五条第一項」とする。
変更後
保税地域から引き取られる課税物品（特例申告に係る課税物品を除く。以下この条において同じ。）に係る内国消費税に対する国税通則法第六十五条 （過少申告加算税）の規定の適用については、同条第一項 中「期限内申告書（還付請求申告書を含む。第三項において同じ。）が提出された場合（期限後申告書が提出された場合において、次条第一項ただし書又は第七項の規定の適用があるときを含む。）」とあるのは「輸入品に対する内国消費税の徴収等に関する法律第六条第一項（引取りに係る課税物品についての申告等の特例）の規定による課税標準及び税額の申告書（第三項及び第四項並びに次条第一項において「当初申告書」という。）が提出された場合」と、「第三十五条第二項（期限後申告等による納付）」とあるのは「第三十五条第二項（修正申告等による納付）又は同法第六条第四項（引取り前における修正申告等の特例）若しくは第九条第一項（輸入の許可前における引取りに係る納付）」と、同条第二項中「期限内申告税額」とあるのは「当初申告税額」と、同条第三項第一号中「第三十五条第二項」とあるのは「第三十五条第二項又は輸入品に対する内国消費税の徴収等に関する法律第六条第四項若しくは第九条第一項」と、同項第二号中「期限内申告税額」とあるのは「当初申告税額」と、「期限内申告書（次条第一項ただし書又は第七項の規定の適用がある場合には、期限後申告書を含む。次項第二号において同じ。）」とあるのは「当初申告書」と、「第三十五条第一項又は第二項」とあるのは「第三十五条第一項」と、同条第四項第二号中「期限内申告書」とあるのは「当初申告書」とする。
保税地域から引き取られる課税物品に係る内国消費税に対する国税通則法第六十六条 （無申告加算税）の規定の適用については、同条第一項 中「期限後申告等」とあるのは「決定等」と、「期限内申告書」とあるのは「当初申告書」と、「期限後申告書の提出又は第二十五条」とあるのは「第二十五条」と、同条第三項第一号中「期限後申告書の提出又は第二十五条」とあるのは「第二十五条」と、同条第五項中「期限後申告書又は第一項第二号」とあるのは「第一項第二号」と、「更正又は決定」とあるのは「更正」とする。
変更後
保税地域から引き取られる課税物品に係る内国消費税に対する国税通則法第六十六条 （無申告加算税）の規定の適用については、同条第一項 中「期限後申告等」とあるのは「決定等」と、「期限後申告書又は第二号」とあるのは「第二号」と、「更正又は決定が」とあるのは「更正が」と、「期限内申告書」とあるのは「当初申告書」と、「期限後申告書の提出又は第二十五条」とあるのは「第二十五条」と、同条第二項中「又は第七項の規定」とあるのは「の規定」と、「、前項」とあるのは「、同項」と、同条第三項第一号中「期限後申告書の提出又は第二十五条」とあるのは「第二十五条」と、同条第四項中「若しくは第七項の規定の適用がある場合又は期限後申告書若しくは第一項第二号」とあるのは「の規定の適用がある場合又は同項第二号」と、「更正又は決定」とあるのは「更正」と、「期限後申告書若しくは修正申告書」とあるのは「修正申告書」と、「期限後申告書又は同号」とあるのは「同号」と、同条第六項中「期限後申告書又は第一項第二号」とあるのは「第一項第二号」と、「更正又は決定」とあるのは「更正」とする。
保税地域から引き取られる課税物品に係る消費税に対する国税通則法第六十八条 （重加算税）の規定の適用については、同条第二項 中「同項 ただし書又は同条第五項 若しくは第六項 の規定」とあるのは「同項 ただし書又は同条第五項 の規定」と、「法定申告期限までに納税申告書を提出せず、又は法定申告期限後に納税申告書を提出していたとき」とあるのは「同条第一項 各号のいずれかに該当することとなつたとき」とする。
変更後
保税地域から引き取られる課税物品に係る消費税に対する国税通則法第六十八条 （重加算税）の規定の適用については、同条第二項 中「同項 ただし書若しくは同条第七項 の規定」とあるのは「同項 ただし書の規定」と、「更正又は決定」とあるのは「更正」と、「法定申告期限までに納税申告書を提出せず、又は法定申告期限後に納税申告書を提出していたとき」とあるのは「同項 各号のいずれかに該当することとなつたとき」と、同条第四項 中「前三項」とあるのは「第一項又は第二項」と、「期限後申告書若しくは修正申告書の提出、」とあるのは「修正申告書の提出又は」と、「決定又は納税の告知（第三十六条第一項（納税の告知）の規定による納税の告知（同項第二号に係るものに限る。）をいう。以下この項において同じ。）若しくは納税の告知を受けることなくされた納付」とあるのは「決定」と、「、更正若しくは決定又は告知若しくは納付」とあるのは「又は更正若しくは決定」と、「課され、又は徴収された」とあるのは「課された」とする。
追加
附 則 （平成二八年一二月一六日法律第一〇八号）
この法律は、環太平洋パートナーシップ協定が日本国について効力を生ずる日（第三号において「発効日」という。）から施行する。
政府は、第七条の規定の施行後五年を経過した場合において、新通関業法の施行の状況を勘案し、必要があると認めるときは、新通関業法の規定について検討を加え、その結果に基づいて必要な措置を講ずるものとする。
変更後
政府は、第七条の規定の施行後五年を経過した場合において、新通関業法の施行の状況を勘案し、必要があると認めるときは、新通関業法の規定について検討を加え、その結果に基づいて必要な措置を講ずるものとする。