法第百二条第二項（証明書類の交付手数料）の規定により納付すべき手数料の額は、証明書類一枚ごとに四百円とする。
ただし、電子情報処理組織を使用して交付の申請を行う場合にあつては、三百円とする。
変更後
法第百二条第二項（証明書類の交付及び統計の閲覧等）の規定により納付すべき手数料の額は、証明書類一枚ごとに四百円とする。
ただし、電子情報処理組織を使用して交付の申請を行う場合にあつては、三百円とする。
法第百二条第五項（磁気テープ等の交付手数料）において準用する同条第二項の規定により納付すべき手数料の額は、同条第一項各号の区分ごと（同項第一号にあつては、輸出又は輸入の区分ごと）の集計した統計につき、それぞれ関税法施行令第九十条の二第一項第一号に掲げる記録媒体一巻ごと又は同項第二号から第四号までに掲げる記録媒体一枚ごとに二万三千五百円とする。
変更後
法第百二条第五項において読み替えて準用する同条第二項の規定により納付すべき手数料の額は、同条第一項各号の区分ごと（同項第一号にあつては、輸出又は輸入の区分ごと）に財務大臣が集計した統計につき、それぞれ関税法施行令第九十条の二第一項第一号（統計の閲覧及び磁気テープ等の交付の申請等）に掲げる記録媒体一巻ごと又は同項第二号若しくは第三号に掲げる記録媒体一枚ごとに二万三千五百円とする。
第一条、第五条、第七条又は前条第二項に規定する手数料は、法第二十条第一項（不開港への出入）若しくは法第六十九条第二項（貨物の検査場所）に規定する許可、法第百二条第一項及び第四項（証明書類の交付及び統計の閲覧等）の規定による交付又は定率法第十三条第五項（製造用原料品の減税又は免税）（定率法第十九条第二項において準用する場合を含む。）若しくは関税暫定措置法第九条の二第五項（経済連携協定に基づく製造用原料品に係る譲許の便益の適用）に規定する検査を受けようとする都度、納付しなければならない。
変更後
第一条、第五条、第七条又は前条第二項に規定する手数料は、法第二十条第一項（不開港への出入）若しくは法第六十九条第二項（貨物の検査場所）に規定する許可、法第百二条第一項及び第四項（証明書類の交付及び統計の閲覧等）の規定による交付又は定率法第十三条第五項（製造用原料品の減税又は免税）（定率法第十九条第二項（輸出貨物の製造用原料品の減税、免税又は戻し税等）において準用する場合を含む。）若しくは関税暫定措置法第九条の二第五項（経済連携協定に基づく製造用原料品に係る譲許の便益の適用）に規定する検査を受けようとする都度、納付しなければならない。
第二条第一項、第三条第一項、第四条第一項又は前条第一項、第三項若しくは第四項に規定する手数料は、一月分ごとに納付するものとし、毎月末日までに翌月分を納付しなければならない。
ただし、法第四十二条第一項（保税蔵置場の許可）、法第五十六条第一項（保税工場の許可）、法第六十二条の二第一項（保税展示場の許可）若しくは法第六十二条の八第一項（総合保税地域の許可）の規定による許可又は定率法第十三条第一項、定率法第十九条第一項（輸出貨物の製造用原料品の減税、免税又は戻し税等）若しくは関税暫定措置法第九条の二第一項の規定による承認の日の属する月分については、その許可又は承認の日から十日以内に納付しなければならない。
変更後
第二条第一項、第三条第一項、第四条第一項又は前条第一項、第三項若しくは第四項に規定する手数料は、一月分ごとに納付するものとし、毎月末日までに翌月分を納付しなければならない。
ただし、法第四十二条第一項（保税蔵置場の許可）、法第五十六条第一項（保税工場の許可）、法第六十二条の二第一項（保税展示場の許可）若しくは法第六十二条の八第一項（総合保税地域の許可）の規定による許可又は定率法第十三条第一項、定率法第十九条第一項若しくは関税暫定措置法第九条の二第一項の規定による承認の日の属する月分についてはその許可又は承認の日から二十日以内に、同月の翌月分については当該許可又は承認の日の属する月の末日と当該許可又は承認の日から二十日を経過する日とのいずれか遅い日までに、それぞれ納付しなければならない。
前項の手数料の額の計算の基準となる事項の変更が当該変更の日の属する月の翌月分の手数料の納付後に行われた場合において、納付すべき手数料の額が増加したときは、当該変更の日の属する月の末日と当該変更の日から十日を経過した日とのいずれか遅い日までにその増加した額を納付しなければならないものとし、納付すべき手数料の額が減少したときは、その減少した額をその翌月以降において納付すべき手数料の額から控除するものとする。
変更後
前項の手数料の額の計算の基準となる事項の変更が行われた場合において、納付すべき手数料の額が増加したときは、当該変更の日の属する月の末日と当該変更の日から二十日を経過する日とのいずれか遅い日までにその増加した額を納付しなければならないものとし、納付すべき手数料の額が減少し、かつ、その減少する前の手数料の額が既に納付されたときは、その減少した額をその翌月以降において納付すべき手数料の額から控除するものとする。
追加
第四条の規定による改正後の税関関係手数料令（次項において「新手数料令」という。）第九条第三項の規定は、この政令の施行の日以後に同項の許可又は承認を受けることにより納付すべき手数料について適用し、同日前に第四条の規定による改正前の税関関係手数料令（次項において「旧手数料令」という。）第九条第三項の許可又は承認を受けたことにより納付すべき手数料については、なお従前の例による。
追加
新手数料令第九条第四項の規定は、この政令の施行の日以後に行われる同項の変更により納付すべき手数料の額が増加又は減少をした場合について適用し、同日前に行われた旧手数料令第九条第四項の変更により納付すべき手数料の額が増加又は減少をした場合については、なお従前の例による。