機構に係る通則法第十九条第六項第二号に規定する主務省令で定める書類は、独立行政法人福祉医療機構法（以下「機構法」という。）、施行令及びこの省令の規定に基づき厚生労働大臣に提出する書類とする。
変更後
機構に係る通則法第十九条第六項第二号に規定する主務省令で定める書類は、独立行政法人福祉医療機構法（以下「機構法」という。）、施行令及びこの命令の規定に基づき厚生労働大臣に提出する書類とする。
機構の会計については、この省令の定めるところによるものとし、この省令に定めのないものについては、一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に従うものとする。
変更後
機構の会計については、この命令の定めるところによるものとし、この命令に定めのないものについては、一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に従うものとする。
平成十一年四月二十七日の中央省庁等改革推進本部決定に基づき行われた独立行政法人の会計に関する研究の成果として公表された基準（以下「独立行政法人会計基準」という。）は、この省令に準ずるものとして、第一項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に優先して適用されるものとする。
変更後
平成十一年四月二十七日の中央省庁等改革推進本部決定に基づき行われた独立行政法人の会計に関する研究の成果として公表された基準（以下「独立行政法人会計基準」という。）は、この命令に準ずるものとして、第一項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に優先して適用されるものとする。
追加
機構法附則第五条の二第五項、第五条の三第二項及び第五条の五第二項の規定により特別の勘定を設けて経理する場合には、第十条中「経理する場合」とあるのは、「経理する場合並びに同法附則第五条の二第五項、第五条の三第二項及び第五条の五第二項の規定により特別の勘定を設けて経理する場合」とする。
独立行政法人福祉医療機構法（平成十四年法律第百六十六号）附則第二条第九項の規定により独立行政法人福祉医療機構に出資されたものとされる資産のうち敷金及び保証金については、第二条の規定による改正後の独立行政法人福祉医療機構の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令第十二条の四第一項の指定を受けたものとみなす。
変更後
独立行政法人福祉医療機構法（平成十四年法律第百六十六号）附則第二条第九項の規定により独立行政法人福祉医療機構に出資されたものとされる資産のうち敷金及び保証金については、独立行政法人福祉医療機構の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する命令第十二条の四第一項の指定を受けたものとみなす。