- 第1条第1項 （政令で定める海面）
- 第2条第1項 （政令で定める府県）
- 第3条第1項 （関係府県の区域から除外する区域）
- 第4条第1項 （設置の許可を要しない施設）
- 第5条第1項 （指定物質）
- 第6条第1項 （指定物質削減指導方針の作成の指示）
- 第7条第1項 （指定物質排出者）
- 第8条第1項 （政令で定める市の長による事務の処理）
- 附則第1条第1項 （施行期日）
- 附則昭和51年8月14日政令第218号第1条第1項
- 附則昭和54年5月8日政令第132号第1条第1項 （施行期日）
- 附則昭和54年5月8日政令第132号第2条第1項 （経過措置）
- 附則昭和54年5月8日政令第132号第3条第1項
- 附則昭和54年5月8日政令第132号第4条第1項
- 附則昭和54年5月8日政令第132号第5条第1項
- 附則昭和54年9月4日政令第237号第1条第1項 （施行期日）
- 附則昭和55年10月3日政令第255号第1条第1項 （施行期日）
- 附則昭和56年11月30日政令第327号第1条第1項
- 附則昭和61年6月17日政令第214号第1条第1項
- 附則昭和61年10月31日政令第336号第1条第1項
- 附則昭和63年8月26日政令第252号第1条第1項
- 附則平成2年9月14日政令第266号第1条第1項 （施行期日）
- 附則平成4年7月1日政令第237号第1条第1項
- 附則平成6年7月8日政令第225号第1条第1項
- 附則平成7年12月8日政令第408号第1条第1項 （施行期日）
- 附則平成11年12月3日政令第387号第1条第1項 （施行期日）
- 附則平成12年6月7日政令第313号第1条第1項 （施行期日）
- 附則平成13年11月9日政令第350号第1条第1項
- 附則平成16年9月29日政令第293号第1条第1項 （施行期日）
- 附則平成18年10月12日政令第328号第1条第1項 （施行期日）
- 附則平成21年3月25日政令第53号第1条第1項 （施行期日）
- 附則平成27年1月30日政令第30号第1条第1項 （施行期日）
- 附則平成27年1月30日政令第30号第10条第1項 （瀬戸内海環境保全特別措置法施行令の一部改正に伴う経過措置）
- 附則平成30年10月17日政令第293号第1条第1項 （施行期日）
- 附則令和元年6月28日政令第44号第1条第1項 （施行期日）
- 附則令和2年1月31日政令第21号第1条第1項
- 附則令和4年3月31日政令第162号第1条第1項 （施行期日）
- 附則令和4年3月31日政令第162号第4条第1項 （経過措置）